万万没想到之重测序还可以用来做这些?(一)
2015.11.30


Hi,各位科研小伙伴们,一提起重测序,想必浮现在各位脑海中的是用来找SNP和InDel吧,那么重测序还能用来干什么呢?还记得之前火遍大江南北的五环之歌吗?小编不由的在心中唱了起来“啊~啊~啊~五环!你比四环多一环!啊~啊~啊~五环!你比六环少一环!”


其实重测序也有它的“五环之歌”,现在小编就给大家隆重介绍重测序的五环之一——全基因组关联分析定位目标性状。


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产品简介

通过全基因组大样本低深度重测序对动植物重要种质资源进行全基因组的基因型鉴定,并与关注的表型数据进行全基因组关联分析(GWAS),找出与关注表型相关的SNP位点,定位数量性状基因。与数量性状相关基因紧密连锁的SNP标记,后续可用于分子标记辅助育种,加快育种进程。


2
技术路线

重测序技术路线.png

3
适用范围


动植物自然群体;

选取的个体具有一定的代表性;

样本间不能有明显的亚群分化;

样本的多态性广;

选择的性状不宜过多。


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研究方案


样品量选择:至少200个样本。

建库测序策略:350 bp小片段文库,HiSeq 2500/4000/X Ten,PE125/PE150测序。

测序深度选择:≥1×/样本。


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产品特色


标记密度更高;

无需构建作图群体;

可一次性考察多个性状;

定位更精确。


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案例解读


全基因组关联分析定位水稻的14个重要农艺性状

样本选取:571份水稻地方品种。

测序策略:平均测序深度~1X,Illumina GA,PE76

研究结果:

(1)对其中373个籼稻亚种的14个农艺性状进行了GWAS,作者共检测到37个显著信号(-log10(p)>6),下图是籽粒宽度全基因组关联分析的曼哈顿图。


籽粒宽度全基因组关联分析的曼哈顿图.png

Fig.1 籽粒宽度全基因组关联分析的曼哈顿图


(2)6个性状的关联信号与已知关联基因距离较近。关联信号平均能解释36%的表型变异。下图显示的是细尖颜色的关联信号。

 细尖颜色的关联信号图.png

Fig.2 细尖颜色的关联信号图


参考文献:

[1] XuehuiHuang, Xinghua Wei, Tao Sang, et al. Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces[J]. Nature, 2010, 464(7288): 587-591.


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