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安诺基因重磅推出植物Hi-C测序技术

2015-12-12

植物Hi-C测序.jpg


        2015年初,安诺基因在国内首家推出动物群体细胞Hi-C测序和单细胞Hi-C测序服务,引领基因组学研究迈向3D时代,并将染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb的世界顶尖水平。在不断完善产品种类的同时,安诺基因在Hi-C信息分析流程的研发上也屡创佳绩,近期,安诺基因与法国居里研究所等单位联手开发的研究成果HiC-Pro(一种灵活高效的标准化Hi-C分析流程)荣登《Genome Biology》。现在,安诺基因在Hi-C技术领域再次取得突破性进展,成为国内首家提供植物Hi-C测序从文库构建到数据分析全套服务的公司。



1产品简介

植物Hi-C技术以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系;通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息。安诺基因Hi-C研发团队采用独特的细胞破壁及甲醛固定技术,成功降低文章中的自环比例、提高了有效数据比例。



表1 安诺植物Hi-C与已发表文章数据比较

安诺植物Hi-C与已发表文章数据.png



2技术流程

样品用甲醛交联后,进行特殊的细胞裂解步骤,使植物细胞壁破裂释放出DNA。然后使用限制性内切酶进行染色质消化,经生物素标记、平末端连接及DNA纯化提取,制备Hi-C样本,并取样进行DNA质量检测。检测合格后进入标准文库构建流程,超声波打断、加A、生物素钓取、加接头构建文库。



植物Hi-C实验操作.png

图1 植物Hi-C实验操作流程图



3信息分析

植物Hi-C的标准信息分析流程如下图:

信息分析.png

图2 信息分析流程图


4应用领域

(1)染色体相互作用


拟南芥染色体互作.jpg

图3 拟南芥染色体互作(安诺数据)


染色体某个区域互作.jpg

4 染色体某个区域相互作用[2]


(2)建立基因组三维折叠模型


3D模型构建.png

5 3D模型构建(安诺数据)


(3)诠释转录因子与染色质相互作用的关系


Hi-C与ChIP-seq联合分析.png

6 Hi-CChIP-seq联合分析[2]


5Hi-C技术整体解决方案

植物Hi-C技术的推出,进一步完善了安诺基因Hi-C技术整体解决方案。至此,安诺基因可完成动物群体细胞Hi-C、动物单细胞Hi-C、植物Hi-C、1kb分辨率Hi-C等三维基因组学研究解决方案,成为国内有能力提供Hi-C测序从文库构建到数据分析全套服务的公司。


安诺基因Hi-C技术整体解决方案.png

图7 安诺基因Hi-C技术整体解决方案


6参考文献

[1] Feng S, Cokus S, Schubert V, et al. Genome-wideHi-C analyses in wild-type and mutants reveal high-resolution chromatin interactions in Arabidopsis.[J]. Molecular Cell, 2014, 55(5):694–707.

[2] Wang C, Liu C, Roqueiro D, et al. Genome-wide analysis of local chromatin packing in Arabidopsis thaliana.[J]. Genome Research, 2015, 25(2).

[3] JinF, Li Y, Dixon J R, et al. A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in human cells[J]. Nature, 2013,503(7475): 290-294.



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