安诺单细胞家族又添新成员——单细胞lncRNA测序
2016.04.14

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         LncRNA为一类长度大于200bp的长链非编码RNA,越来越多的研究表明,它们能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达,在X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种生物学过程中起着重要的调控作用,已经成为近年来生命科学最火热的研究领域之一。


        安诺单细胞lncRNA测序,对所有的mRNA和带polyA尾的lncRNA差异表达或结构变异进行检测,筛选与疾病或性状相关的分子标记,主要用于在单细胞全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的干细胞/肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体。


        安诺单细胞lncRNA测序,采用改进的Smart-seq2技术,能够满足高敏感度、无偏好性的cDNA转录本的扩增[1]


数据展示

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生物信息分析

单细胞 信息分析.jpg

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技术优势


1. 全面的分析内容,包含单细胞转录组,lncRNA以及转录组和lncRNA联合分析,并针对不同项目制定个性化的信息分析方案,保证结果的创新型和可用性。

2. 安诺基因团队与法国居里研究所、中科院动物所、北医三院等多家科研院所已有丰富的单细胞测序技术合作经验,参与了多项单细胞研究工作,相关研究成果已在Science, eLIFE等高水平期刊上发表[2,3]



案例解析


单细胞转录组揭示lncRNA在细胞重编程过程的动态变化[4]

背景

细胞重编程过程展示了体细胞状态在表观遗传学上的可塑性,但这些lncRNA在重编程细胞命运的潜在功能仍然不清楚。


测序策略

81个单细胞的转录组,5~10 M mapped reads/cell,采用IlluminaHiSeq 2000,SE50/SE100测序


结果

该研究利用iPS技术将成纤维细胞诱导为多能干细胞(iPSC),并通过单细胞RNA-seq技术,在重编程的不同阶段分析了81个单细胞一万六千多个基因的表达谱,其中包括437个lncRNAs。这项研究证实,iPS细胞重编程激活了特定组合的功能性lncRNAs。

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图1  LncRNAs在iPSCs不同重编程时期的激活表达变异性

参考文献

1. S Picelli, Åsa K Björklund, OR Faridani, et al. Smart-seq2 for sensitive full-length transcriptome profiling in single cells[J]. Nature Methods, 2013, 10(11): 1096-1098.

2. Q Chen, M Yan, Z Cao, et al. Sperm tsRNAs contribute to intergenerational inheritance of an acquired metabolic disorder[J]. Science, 2015, 351(6271): 1173-1179.

3. K Ancelin, L Syx, M Borensztein, et al. Maternal LSD1/KDM1A is an essential regulator of chromatin andtranscription landscapes during zygotic genome activation[J]. Elife Sciences, 2016, 5.

4. D Kim, G Marinov, S Pepke, et al. Single-Cell transcriptome analysis reveals dynamic changes in lncRNA expression during reprogramming[J]. Cell Stem Cell, 2015, 16(1): 88-101. 


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