研究微生物的你,这些数据库怎能不知道?
2018.08.24

微生物的基因组序列被研究的越来越多,当我们得到菌株的基因组序列后,我们该怎样进行分析研究?通常我们会通过NCBI、KEGG等公共数据库来进行基因组的注释分析,但有时你会发现分析结果没有针对性,想要研究却无从下手。这时我们不妨换个专有数据库来试试,或许能得到不一样的结果,从而踏上“不一样”的科研之路,发更高分的文章。下面就让小编来介绍几个微生物专有数据库供大家参考。


1.Isfinder (the reference centre for bacterial insertion sequences)


Isfinder是一个用于查询细菌插入序列的专用数据库。细菌中外来的插入序列通常会携带一些抗性或致病性基因,有了这个数据库,能够更快速了解研究菌株与参考菌株表型不一致的原因。

网址:

https://www-is.biotoul.fr/



2.HGT-DB (Horizontal Gene Transfer Database)


HGT-DB是一个预测水平转移基因的数据库,功能与Isfinder 类似,但其预测范围不仅包括外来插入序列,还包括噬菌体前体、单位转座子等基因信息。但该数据库目前只包含94个细菌和古菌的完整基因组的序列分析,其预测结果可能具有一定的局限性。


网址:

http://usuaris.tinet.cat/debb/HGT/welcomeOLD.html



3.VFDB (Virulence factors Database)


VFDB是一个病原菌毒力因子数据库。该数据库是由中国医学科学院研发,目前收集了包括30个属(74个病原菌)的细菌独立基因序列信息,并提供对应的500多种毒力基因核酸和蛋白质序列信息。从事这方面研究的小伙伴不要错过哟。

网址:

http://www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm



4.PHI (Pathogen Host Interactions)


PHI是病原与宿主互作数据库。该数据库收录的都是被实验证实的具有毒力和效应基因的细菌、卵菌、真菌,宿主包括动物、植物和真菌。在这个数据库里,不仅可通过相关序列、基因名和病原菌名称,还可以按宿主和疾病名称来检索相关信息。

网址:

http://www.phi-base.org/



5.EffectiveDB (Prediction of bacterial protein secretion)


EffectiveDB是一个细菌中分泌蛋白的比对分析数据库。其数据来源于EggNOG 4.0以及NCBI两个数据库,包含了近1800个细菌的的分泌蛋白信息,可以有效地鉴定出基因组中分泌蛋白信息。

网址:

http://www.effectors.org/



6.CARD (The Comprehensive Antibiotic Resistance Database)


CARD是抗性基因数据库,是一个集合了抗药基因包括抗生素的数据库。通过序列同源性的比对就可以得到相应的抗性基因注释结果,能够看到基因的抗性类型、机制等信息。同时该数据库还提供画图功能,高效实用。

网址:

https://card.mcmaster.ca/



7.HPIDB3.0 (Host-Pathogen Interaction Database)


HPIDB 3.0是病原菌与宿主互作数据库。该数据库目前收录了62782组蛋白互作关系,包括66个宿主(其中99%的宿主为动物)和653个病原菌。

网址:

http://www.agbase.msstate.edu/hpi/main.html



以上就是小编本期想要分享给大家的全部内容,希望对各位有所帮助。这些都是进行微生物研究必备工具哦,赶紧收藏~





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