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转录组高级分析免费啦！
2015.10.30
转录组测序不用愁，
安诺基因为您免费奉上高级分析内容！
免费啦！
1转录本定量
主要用于研究所有基因的转录水平，尤其是同一基因由可变剪切产成的不同转录本的表达量水平。
2条件特异性表达分析
按照客户提供的需求，对时间序列特异性表达基因或组织序列特异性表达的基因，或定制化的基因，进行个性化的聚类分析。
3转录因子分析
即分析表达基因中的转录因子。转录因子是一类具有特定功能的蛋白质，它通过结合到基因的启动子区域来开启基因的转录过程。同时，转录因子还可与对应的结合位点组合在一起形成顺式调控模块，共同调控基因转录。如一些转录因子可通过介导细胞增殖、分化、凋亡和新陈代谢等功能发挥重要的作用。
4PCA主成分分析(大于5个样本)
主成分分析 (PCA)，是一种分析、简化数据的方法，经常用于减少数据集的维数，同时保持数据集中的对方差贡献最大的特征，从而提取出数据中最主要的元素和结构的方法。
目的：寻找哪种因素对样本影响更大，以及分析样本在不同影响因素下的分布特征和聚类模式。
5权重基因共表达网络分析（WGCNA）（大于20个样本）
什么情况需要做GCNA？
比如，20多个样本，两两比较差异基因，排列组合的节奏啊，瞬间比晕了。。
比如，寻找基因间的相互作用，比都比不清楚，怎么找啊？啊？啊？
别着急，WGCNA两招帮您搞定~
1）将权重基因分成共表达的模块
2）研究不同模块间的相关关系
6多组学联合分析(需同时包括mRNA、lncRNA和microRNA的数据)
新名词：ceRNA(competing endogenous RNAs), 竞争性内源RNAs
ceRNA假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制。已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默，而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。旨在寻找通过竞争性地结合microRNA的lncRNA、microRNA调节的mRNA和microRNA三者之间的关系。
ceRNA的预测主要通过两个途径进行预测：
（1）与microRNA具有靶向互作关系的lncRNA；
（2）lncRNA与mRNA表达量的呈现正相关性。
蓝色表示lncRNA，红色表示miRNA，绿色表示mRNA基因
参考文献：Xue, Z. G., Huang,K., et al. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing. LETTER. 500, 593-598(2013).
