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转录组高级分析免费啦!

2015-10-30

转录组测序不用愁,

安诺基因为您免费奉上高级分析内容!


安诺 转录组测序.png免费啦!




1转录本定量

主要用于研究所有基因的转录水平,尤其是同一基因由可变剪切产成的不同转录本的表达量水平。


2条件特异性表达分析

按照客户提供的需求,对时间序列特异性表达基因或组织序列特异性表达的基因,或定制化的基因,进行个性化的聚类分析。


3转录因子分析

即分析表达基因中的转录因子。转录因子是一类具有特定功能的蛋白质,它通过结合到基因的启动子区域来开启基因的转录过程。同时,转录因子还可与对应的结合位点组合在一起形成顺式调控模块,共同调控基因转录。如一些转录因子可通过介导细胞增殖、分化、凋亡和新陈代谢等功能发挥重要的作用。

转录因子分析.png


4PCA主成分分析(大于5个样本)

主成分分析 (PCA),是一种分析、简化数据的方法,经常用于减少数据集的维数,同时保持数据集中的对方差贡献最大的特征,从而提取出数据中最主要的元素和结构的方法。


目的:寻找哪种因素对样本影响更大,以及分析样本在不同影响因素下的分布特征和聚类模式。


5权重基因共表达网络分析(WGCNA)(大于20个样本)

什么情况需要做GCNA

比如,20多个样本,两两比较差异基因,排列组合的节奏啊,瞬间比晕了。。

比如,寻找基因间的相互作用,比都比不清楚,怎么找啊?啊?啊?


别着急,WGCNA两招帮您搞定~

1)将权重基因分成共表达的模块

权重基因分成共表达的模块.png


2)研究不同模块间的相关关系

不同模块间的相关关系.png


6多组学联合分析(需同时包括mRNA、lncRNA和microRNA的数据)

新名词:ceRNA(competing endogenous RNAs), 竞争性内源RNAs

ceRNA假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制。已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。旨在寻找通过竞争性地结合microRNA的lncRNA、microRNA调节的mRNA和microRNA三者之间的关系。


ceRNA的预测主要通过两个途径进行预测:

(1)与microRNA具有靶向互作关系的lncRNA;

(2)lncRNA与mRNA表达量的呈现正相关性。


ceRNA预测途径.png

蓝色表示lncRNA,红色表示miRNA,绿色表示mRNA基因


参考文献:Xue, Z. G., Huang,K., et al. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing. LETTER. 500, 593-598(2013).



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