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在线交流 | 非诚勿扰,敢不敢来赴一场全长转录组邀约?

2018-05-29

以PacBio SMRT技术为代表的第三代长读长测序技术不仅在基因组组装领域得到广泛应用,在转录组学研究中也备受青睐。2016年,以玉米[1]和高粱[2]为代表的两篇全长转录组文章的发表也是在业内掀起了一股全长转录组研究的热潮,截至目前,已经有拟南芥、小麦、棉花、蜂鸟、家兔、以及人乳腺癌等数十篇全长转录组文章见刊。那究竟全长转录组测序有哪些技术优势,又有哪些应用方向,且听小编为你一一解答。


什么是全长转录组测序?


全长转录组测序(Iso-seq)是指利用PacBio三代测序技术获得生物体内完整的RNA全长序列(包括5'末端到3'poly A尾),建库过程无需对RNA分子进行打断,分析时无需拼接即可获得全长序列,通过全长转录组测序能够更精准地分析“一基因,多转录本”的情况,挖掘基因结构信息。


 Iso-seq有哪些技术优势?


1. 超长读长,无需拼接,直接获得全长完整转录本信息

2. 真实还原基因结构信息

3. 精准区分不同转录本异构体

4. 结合二代测序精确定量不同转录本表达水平

5. 结合二代测序进行差异可变剪切事件分析


Iso-seq有哪些应用方向?


1.辅助基因组注释

2016年发表在《Nature Communication》上的玉米[1]文章首次利用全长转录组数据做基因组注释的研究。通过对玉米六个不同组织的样品进行测序,共鉴定得到111,151个转录本,涵盖玉米RefGen_v3基因注释的70%的基因,其中57% 的转录本为已知基因位点新的转录异构体,其中3% 为鉴定的新基因的转录本,其中发现大量融合基因和LncRNA。


玉米全长转录本注释分析

图1 玉米全长转录本注释分析


2.研究可变剪切

高粱[2]的全长转录组研究中发现了10,053个转录本是通过可变剪而产生的,而其中只有2,950个先前被报道过,多数未被注释。草莓[3]的全长转录组研究中发现在果实发育的不同阶段可变剪切模式发生了动态的变化。  


草莓不同发育阶段可变剪切模式分析

图2 草莓不同发育阶段可变剪切模式分析


3. 研究融合基因

通过Iso-seq测序能够直接获得转录本全长信息,因此对融合基因的分析更精准。在对MCF-7人乳腺癌细胞[4]进行二代和三代转录组分析时发现了很多与乳腺癌相关的融合基因,并鉴定找到融合位点。


融合基因位点分析

图3 融合基因位点分析


除上述主要应用方向外,Iso-seq在可变多聚腺苷酸化分析(APA)以及LncRNA全长序列的获取上均有重要应用。那么,Iso-seq测序究竟是如何实现上述的数据挖掘呢?如果您想进一步了解Iso-seq,并学习相关的信息分析知识,快快参加安诺基因最近一期的生物信息在线交流,生信大神教你玩转Iso-seq!


交流信息  


交流主题:Iso-seq信息分析流程概述


交流内容:Iso-seq技术背景、实验方法、应用方向介绍;Iso-seq分析流程介绍;


(以上并非全部分享内容,获取更多干货请参与当日交流分享。)


交流时间:2018年5月30日,15:00-16:00


交流平台:安诺基因生物信息交流1群(213357902)及2群(475638865)  同时进行。

         

交流形式:视频/语音实时交流


主持人:三代测序产品经理 辛颖


主讲人:Iso-seq高级信息分析工程师


注:进群时请务必备注姓名及工作单位。


您可以在评论里留下您感兴趣的问题,我们将对问题进行整理,在线交流的过程中主讲人将为您详细解答。 


安诺基因搭建有国内领先的10台PacBio三代测序平台,拥有数十个物种的Iso-seq实验和信息分析项目经验。结合安诺基因全面的二代测序平台和转录组产品,能够为您提供完善的转录组学研究方案。


参考文献:


[1] Wang, B., Tseng, E., Regulski, M., Clark, T.A., Hon, T., Jiao, Y., Lu, Z., Olson, A., Stein, J.C., and Ware, D.. Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing. Nature Communications, 2016, 7:11708.


[2] Abdelghany S E, Hamilton M, Jacobi J L, et al. A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. Nature Communications, 2016, 7:11706.


[3] Li Y, Dai C, Hu C, et al. Global identification of alternative splicing via comparative analysis of SMRT‐ and Illumina‐based RNA‐seq instrawberry. Plant Journal for Cell & Molecular Biology, 2017, 90(1):164.


[4] Weirather J L, Afshar P T, Clark T A, et al. Characterization of fusion genes and the significantly expressed fusion isoforms in breast cancer by hybrid sequencing. Nucleic Acids Research, 2015, 43(18):e116.


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