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仅需1ng!安诺推出珍稀样本ChIP-seq完美解决方案

2018-05-31

近几天,88元一斤的小龙虾在网上火了起来:


雷克萨斯 VS 小龙虾


小编看后不由得痛心疾首:貌似少吃几只(pen)小龙虾,就开的起豪车了?然后小编拿起笔算了一下,约3000斤……

吓得我抱紧了手中的小笼虾

罢罢罢,豪车给别人开,我只要小龙虾!小编看得相当通透:比较重量悬殊物品的单位重量价格,噱头而已!


不过话说到重量,在咱们基因测序领域又是另一番景象。我们知道,测序技术致力于将微量样本的科研数据挖掘到极致。目前,我们可以实现用1-2ml血液样本获取样本全基因组突变位点信息,或者用1μg RNA样本获取全基因组的转录调控信息。不断降低各项技术的样本需求量,意味着我们可以获得更多珍稀样本的基因数据信息,这也是安诺团队每个研发伙伴的工作目标~


样本量的要求在ChIP-seq中显得更为重要。作为研究细胞内特定DNA位点与结合蛋白相互作用的技术,ChIP-seq在肿瘤发生发展机制、动植物表观修饰差异研究等方面有重要的应用。

图3


但是,核内多数DNA结合蛋白表达丰度非常低,而且细胞核内构象动态变化,染色质交叠、凝聚,可能覆盖了大量目标结合位点,导致ChIP实验具有很大难度(做过ChIP的小伙伴含泪点头),一般富集到的DNA总量都在ng级别,转录因子则更低,这极大影响了ChIP-seq普通建库的成功率。


自成功研发ChIP-seq流程以来,我们技术团队一直在不断探索降低建库起始量的技术方法,从100ng,到10ng,到5ng,到今天,我们实现了1ng ChIP后DNA样品的成功建库~下面我们就一起看看新鲜出炉的数据比较吧!


数据质量比较


数据质量比较


通过同批样本的两个建库流程比较,微量建库ChIP-seq在Q30比例以及比对率上均能达到80%左右,Peaks检出数量与常规ChIP-seq基本一致,符合ChIP-seq后续信息分析要求。


比对质量比较


比对质量比较


ChIP-Seq分析中,唯一序列数目占整体序列数目的比例是关注的重点。通过标记重复的序列读段(Duplicates),计算比对质量值(MAPQ),选取合适的比对质量值作为唯一比对的阈值,对去除重复序列,提高分析准确率有很大帮助。经过比较,微量建库的MAPQ值分布与常规ChIP-seq基本一致。


相关性比较


相关性比较


样本间相关性是检验实验可靠性的重要指标。样品比对结果的相关系数越高,表明样品之间的模式相似度越高。通过常规、微量建库样本的相关性比较得知,两种建库方法重复性及一致性良好。


综上,多项评估结果表明, ChIP-Seq微量建库测序结果可靠、稳定,为获得珍稀样本的表观修饰数据提供了重要的技术保障。


看过了安诺团队的ChIP-Seq最新进展,大家是不是跃跃欲试,准备将手中的珍稀样本转换为精确数据了呢?快快联系您当地的销售经理,咨询该技术的详细信息吧!


安诺表观研究优势


1. 全面的表观研究技术

全面的表观研究技术


2. 领先的建库技术

领先的建库技术

3. 出色的数据质量

自建文库实测数据

出色的数据质量

 


4. 丰富的项目、文章经验

目前,安诺已与三十多家顶尖科研院所展开表观基因组学合作,积累了大量丰富且宝贵的项目经验。安诺合作发表的表观基因组学文章总影响因子达到28.326,合作单位分别是中科院重点院所及中山大学等,在行业内具有极大影响力。


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