官宣~你的基因组研究,和这些数据库很配哦
2018.10.19

图1


面对师妹的这些问题,作为师兄的你该怎么回答呢?俗话说“工欲善其事,必先利其器”,今天小编就给各位师兄们推荐几个在发文章时必不可少的数据库,让基因组研究提速升值~


TCGA数据库

TCGA(The Cancer Genome Atlas)是由美国国立卫生研究院国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所共同合作的一个项目,旨在通过基因手段全面表征预后不良,解析癌症发生的分子互作、肿瘤的亚型和治疗的靶点等。TCGA数据库如今已经完成了对11000例病人的33种肿瘤的7个不同层面的数据进行分析,同时可以搜索基因的信息、突变频率、突变位点分布等,是一个功能较强大的数据库,可谓是癌症研究的必备工具。


网址https://cancergenome.nih.gov/


TCGA数据库


ICGC数据库

ICGC(International Cancer Genome Consortium)是2007年成立并启动的全球范围癌症基因组研究工作,旨在对50种癌症、总计25000例患者样本绘制体细胞基因突变谱。ICGC为广大学者提供了一个良好的平台,助力疾病相关研究。


那细化到日常使用中,我们用ICGC数据库能做什么?首先通过数据库可搜索到自己感兴趣的基因在患者样本中的突变情况;其次该数据库会提供基因的基本信息和一些注释,包括该基因参与的通路以及相应的GO注释等;最重要的是该数据库可以查看在某种癌症中基因突变的排名情况,从而据此做一些相关研究。


网址https://dcc.icgc.org/


ICGC数据库


COSMIC数据库

COSMIC(Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer)提供了与癌症相关体细胞突变的信息,记录的体细胞突变比较详细,可以追溯到文献出处,还能将样本信息、涉及的癌症类型等进行统计。COSMIC最大的亮点就是不仅可以知道一个基因突变的较详细的信息,还可以统计某一肿瘤组织的所有突变信息。


网址https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/


COSMIC数据库


GDSC数据库

GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)包含大量与抗癌药物相关的癌症生物标志物信息,这些生物标志物可用于从基因组水平鉴定最可能对癌症治疗做出反应的患者亚群。该数据库还针对1000多种遗传特征的人类癌症细胞系进行抗癌药物的筛选,可分析某种基因突变对药物治疗敏感性的影响。


网址https://www.cancerrxgene.org/


GDSC数据库


DAVID数据库

DAVID(The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)主要进行基因功能和通路注释等功能分析,包括功能注释、基因功能分类、基因ID转换等。将感兴趣的基因关联到生物学注释上,利用统计学的方法,在数据库中的关联注释中获取最显著富集的生物学注释,从而筛选该基因的生物学功能。该数据库最大的亮点是提供了一种快速的方法,将大量的基因列表缩减为功能相关的基因组信息,以帮助筛选高通量技术获得的生物信息。


网址https://david.ncifcrf.gov/


DAVID数据库


GeneCards数据库

GeneCards整合了几大类数据库对于基因的分析数据,包括基因组、转录组、蛋白质组、遗传、临床和功能信息,在里面可以找到所感兴趣基因的全面功能信息,包括基因突变信息、表达、功能以及蛋白互作等,还包括各种数据库的相互转换。


网址https://www.genecards.org/


GeneCards数据库


以上就是小编本期分享给大家的数据库,当然上述所有数据库还有其他功能,小伙伴们可以自行探索一下,有了这个,师妹的问题再也不用愁了。这些都是研究基因组必备工具,大家赶紧收藏起来~


我们安诺基因人基因组产品利用多种数据库进行全面注释,分析结果更可靠,可谓是发文章的利器,详情可咨询当地销售经理。

在线客服

>>

安诺基因在线客服

客服1 客服2 客服3

电话:400-8986-980