扎心!测序不顺竟是因为送样~
2018.10.25


利用测序技术时,我们习惯性地"聚焦"在那些专业的技术性难题上。然古人云"天下大事,必作于细",规范化的样品,标准化的样品寄送流程,是测序成功的基石,也是开展科学研究的首要一步。接下来,就让我们重新聚焦"送样"这件"小事",看看你的样本是否合格?



人基因组测序的样本种类较多,除疾病研究最常用的血液样本外,癌症研究还会用到肿瘤组织、细胞、福尔马林固定后石蜡包埋的组织(简称FFPE)和细胞游离DNA(cfDNA)等。这几类样本要如何选取、采集、保存及运输才能提取出高质量的DNA?今天小编给大家梳理下人基因组研究的样本选取、寄送标准及注意事项~


血液样本


新鲜的血液是用于人基因组重测序和外显子测序最常见的样本,不仅因为血液的白细胞中含有大量基因组DNA,同时血液样本的收集、处理及保存方法都相对简单,且成本较低,因此是极富价值的检测样本。


1540434675471300.jpg用量

建议≥2 ml。


1540434675471300.jpg采集及保存

使用EDTA抗凝管(紫盖)采集全血。建议将采集好的全血转移至单独的冻存管,按照每管200 ul分装2~5管,其余的全血暂无需分装,用抗凝管寄送即可。后续可根据实验的具体需求进行分装。短期保存可放入-20℃或-80℃冰箱,长期保存放入液氮。


1540434675471300.jpg寄送条件

用封口膜封口,干冰运输(5 kg干冰/天)。


1540434675471300.jpg注意事项

禁用肝素抗凝管(绿盖)采血。


敲黑板啦!!!

敲黑板啦


新鲜组织


肿瘤组织样本的检测是肿瘤基因检测的金标准,主要依靠传统的手术切除和活检穿刺等方式。对于肿瘤体细胞突变的筛查,必须同时提供对照样本(癌旁组织或外周血)以排除胚系突变。


1540434675471300.jpg取样量

建议≥1 g。


1540434675471300.jpg取样流程

①取肿瘤组织:取直径约0.8~1 cm的球状组织(参考体积大小,体积相近即可,不要求必须为球状);

②清理:离体后迅速清洗掉血渍等杂质,剔除多余的脂肪组织,注意快速操作,处理时间控制在10~15 min以内最佳;

③分割组织:将清理后的组织样本分割成2-3 mm的组织块,放到1.5 ml或2.0 ml EP管中,放入液氮冻存(建议在液氮中冻存时间保持10 min以上,保证组织冻透)。


1540434675471300.jpg寄送条件

用封口膜封口,干冰运输(5 kg干冰/天)。


1540434675471300.jpg注意事项

对肿瘤组织的取材,为保证结果的准确可靠,应尽可能准确地判定肿瘤组织和正常组织,建议根据冰冻切片报告的结果来判断要进行研究的取材部位。


cfDNA(ctDNA)


cfDNA(细胞游离DNA)是指游离于循环系统中的机体来源DNA片段。其中的ctDNA(循环肿瘤DNA)是肿瘤组织释放进入血液的游离DNA,含量约为cfDNA的0.1-1%。


通过ctDNA的检测可以实现肿瘤的早期诊断、治疗方案指导、耐药性监测、预后判断等,是近年来肿瘤研究和临床检测中的热门领域。


1540434675471300.jpgctDNA测序的适用人群为:

1.无法获取组织的中晚期或者复发转移的肿瘤患者;

2.已有组织切片但储存时间超过1年的中晚期肿瘤患者;

3.组织量太少的中晚期肿瘤患者;

4.需动态监控的患者。

cfDNA或ctDNA建议从血浆或全血中提取,两种样本的要求也有所不同。


血浆类型样本


1540434675471300.jpg用量

建议≥5 ml。


1540434675471300.jpg采集及保存

使用EDTA抗凝管采集全血,两小时内分离血浆,存于2.0 ml EP管中。短期保存可放入-20℃/-80℃冰箱,长期保存放入液氮。


1540434675471300.jpg寄送条件

干冰运输(5 kg干冰/天)。


1540434675471300.jpg注意事项

血浆分离一定要小心吸取血浆上清,保证纯度。血浆收集应使用抗凝管,抗凝剂可以用枸橼酸钠或EDTA等,但不能使用肝素抗凝。


全血类型样本


1540434675471300.jpg用量

建议≥10 ml。


1540434675471300.jpg采集及保存

使用抗凝管采集全血,全血采集使用的抗凝管类型根据运输时间的长短决定,通常使用EDTA和枸橼酸钠抗凝。使用EDTA抗凝的样品需要在7小时内运输到安诺实验室,使用枸橼酸钠抗凝的样品需要在采集完全血后在5天内运送到安诺实验室。采集完后需要温和的颠倒10次左右,确保血样与抗凝剂完全混匀。


1540434675471300.jpg寄送条件

冰袋运输,寄送周期控制在5天以内。


1540434675471300.jpg注意事项

冰袋在运输全程中必须处于0-4℃,并且必须为非冰冻状态。运输期间避免剧烈震荡,以免血细胞破裂导致溶血。


FFPE样本


FFPE样本即是福尔马林固定和石蜡包埋的组织,是疾病机制的回顾性临床研究中使用最为广泛的标本。


1540434675471300.jpg样本类型

白片或石蜡卷。


1540434675471300.jpg建议用量

1)白片或石蜡卷厚度5-10 um,表面积10 mm×10 mm,需3-8片;若为石蜡块,厚度需达到40 um;

2)切片中组织细胞>30000 个,有核细胞比例>80%;肿瘤细胞比例>20%。


1540434675471300.jpg寄送条件

常温运输,注意避免不同样品间蜡片交叉污染。


1540434675471300.jpg注意事项

FFPE样本不宜保存时间过长,建议使用1年内的FFPE样本。


细胞样本


在疾病和癌症研究的领域,除了血液和组织、FFPE样本外,还可以选用培养的细胞系进行人基因组测序。


1540434675471300.jpg样本类型

悬浮细胞/贴壁细胞


1540434675471300.jpg建议用量

1×106~1×107


1540434675471300.jpg采集与保存

培养结束后,吸取去除培养液(若是贴壁细胞,需用胰酶消化),用PBS缓冲液快速洗2次;低速离心除去PBS缓冲液,-80℃冰箱中保存。


1540434675471300.jpg寄送条件

干冰运输(5 kg干冰/天)


测序工作中样本准备寄送是第一个也是至关重要的环节,直接影响到后面建库测序的质量。此次小编为大家分享的医学研究样本处理攻略大全一定要收藏哦~有了安诺为您倾心推出的科学又严谨的送样建议,再也不用担心样品问题了!赶紧送样吧~


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