安诺转录组合作文章10连发
2018.12.12

2018年即将结束,小伙伴们年初制定了很多计划,开展了很多工作,年底是收获的时候啦,最近安诺合作的文章见刊喜讯接踵而来,我们又新收录了多篇小伙伴们合作发表的文章,小编趁热打铁赶紧整理了一下,各位大佬走过路过不要错过哦~


合作发表的文章


下面我们选取其中4篇文章进行解读,来更深入地了解RNA-seq测序技术的应用。


转录组测序助力揭示SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中重要调控机制[1]


SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival[1]


01 发表期刊

Nature Communications

02 合作单位

武汉大学

03 研究结果

急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种恶性侵袭性血液肿瘤疾病,本研究发现SHQ1在T-ALL中高度表达,SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡,增加动物存活率。为阐释具体作用机制,作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达,进而调控MYC表达。综上所述,本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用,也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路,为研究 MYC基因的表达调控提供了新的思路。

 

图1 缺失SHQ1影响pre-mRNA剪接

图1 缺失SHQ1影响pre-mRNA剪接[1]


鸡马立克氏病早期感染和发展过程中脾脏转录组的动态变化[5]


Dynamic Changes in the Splenic Transcriptome of Chickens during the Early Infection and Progress of Marek’s Disease [5]


01 发表期刊

Scientific Reports

02 合作单位

西北农林科技大学

03 研究结果

Gallid alphaherpes virus 2(GaHV2)是一种致癌的禽疱疹病毒,可诱导马立克氏病(MD)和快速发作的T细胞淋巴瘤。为了揭示MD发病机制,利用RNA-seq测定了早期和致病期感染GaHV2的鸡的脾的动态转录组。基于显著的差异表达基因(DEGs),GO富集分析,KEGG富集分析和蛋白互作网络分析,证明在GaHV2感染期间发生的分子事件与疾病发生发展过程高度相关,为进一步研究MD奠定了基础。

 

图2 TCGA数据库数据与RNA-seq测序数据比较

图2 TCGA数据库数据与RNA-seq测序数据比较[5]


ZEB1在人胚胎干细胞神经分化中的功能研究[6]


Zinc finger E-box-binding homeobox 1 (ZEB1) is required for neural differentiation of human embryonic stem cells[6]


01 发表期刊

Journal of Biological Chemistry

02 合作单位

中国科学院动物研究所

03 研究结果

ZEB1在人胚胎干细胞(hESCs)分化为神经元前体时高度表达。CRISPR / Cas9介导的ZEB1缺失可阻止hESCs衍生的神经前体分化为神经元,为了研究ZEB1在该过程中的功能,进行RNA测序分析,聚类和主成分分析(PCA)均表明基因表达模式在25d分化后发生显著变化,GO分析发现在ZEB1敲除后大多数差异基因富集到神经元分化相关条目且显著下调,证明ZEB1是神经元分化所必需的。ZEB1过表达不仅能够加速神经分化和神经元成熟,确保神经细胞移植更安全,而且能够促进兴奋性皮质神经元的产生,对于治疗某些神经系统疾病有重要价值,如帕金森病(PD),肌萎缩侧索硬化症(ALS)。该研究揭示了人类神经细胞的产生机制,有助于改进神经系统疾病患者的治疗方法,以及开发新的替代疗法。

 

图3 全基因组RNA测序分析及qRT-PCR验证

图3 全基因组RNA测序分析及qRT-PCR验证[6]


禽网状内皮组织增生病毒和禽白血病病毒J亚群协同增加外泌体miRNA积累[7]


Reticuloendotheliosis virus and avian leukosis virus subgroup J synergistically increase the accumulation of exosomal miRNAs[7]

 

01 发表期刊

Retrovirology

02 合作单位

山东农业大学

03 研究结果

禽白血病病毒亚群J(ALV-J)和网状内皮组织增生病毒(REV)共感染会协同致病并增加动物死亡率。然而,外泌体miRNA在两种病毒协同感染的致病分子机制中的作用仍然是未知的。在该研究中,通过对在最佳感染时间共感染两种病毒以及单一感染ALV-J和REV的CEF细胞的外泌体RNA,进行RNA深度测序分析,分别鉴定到54种和16种差异表达miRNA。此外,通过qRT-PCR在CEF细胞和外泌体中验证了五种关键miRNA。对miRNA靶基因的GO注释和KEGG通路分析表明5种差异表达的miRNA参与病毒-载体相互作用,氧化磷酸化,能量代谢和细胞生长。本文证明了REV和ALV-J协同感染增加外泌体miRNA的积累,这有利于进一步探索ALV-J与REV协同感染的机制。

  

图4 差异表达miRNA预测靶基因的GO注释和KEGG通路分析


图4 差异表达miRNA预测靶基因的GO注释和KEGG通路分析

图4 差异表达miRNA预测靶基因的GO注释和KEGG通路分析[7]


希望以上文献汇总能帮助大家更全面的了解RNA-seq技术,欢迎感兴趣的老师随时与我们联系。我们接下来还会不定期更新合作文章的解读,敬请期待哦!


参考文献

[1] Su H, Hu J, Huang L, et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival[J]. Nature Communications. 2018.

[2] Zhou C, Gao X, Hu S, et al. RBM-5 modulates U2AF large subunit-dependent alternative splicing in C. elegans[J]. RNA Biology, 2018.

[3] Zhou TC, Li X, Chen LJ, et al. Differential expression profile of hepatic circular RNAs in chronic hepatitis B[J]. J Viral Hepat. 2018.

[4] Hu Y, He C, Liu JP, et al. Analysis of key genes and signaling pathways involved in Helicobacter pylori-associated gastric cancer based on The Cancer Genome Atlas database and RNA sequencing data[J]. Helicobacter. 2018.

[5] Dang L, Teng M, Li HW, et al. Dynamic Changes in the Splenic Transcriptome of Chickens during the Early Infection and Progress of Marek’s Disease[J]. Scientific Reports. 2017.

[6] Jiang Y, Yan L, Xia L, et al. Zinc finger E-box-binding homeobox 1 (ZEB1) is required for neural differentiation of human embryonic stem cells[J]. J Biol Chem. 2018.

[7] Zhou D, Xue J, He S, et al. Reticuloendotheliosis virus and avian leukosis virus subgroup J synergistically increase the accumulation of exosomal miRNAs.[J]. Retrovirology. 2018.

[8] Bai S, Liu W, Wang H, et al. Enhanced Herbicide Metabolism and Metabolic Resistance Genes Identified in Tribenuron-Methyl Resistant Myosoton aquaticum L.[J]. J Agric Food Chem. 2018.

[9] Zheng Y, Chen C, Liang Y, et al. Genome-wide association analysis of the lipid and fatty acid metabolism regulatory network in the mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) based on small noncoding RNA sequencing[J]. Tree Physiol. 2018.

[10] Guo F, Hong W, Yang M, et al. Upregulation of 24(R/S), 25-epoxycholesterol and 27-hydroxycholesterol suppresses the proliferation and migration of gastric cancer cells[J]. Biochem Biophys Res Commun. 2018.


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