必看!10x Genomics单细胞ATAC-seq实测数据概览
2019.04.18

目前,趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索,而基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点,备受青睐自从相关产品面世以来,安诺基因就开展了一系列的测试和研发,包括细胞系、组织来源细胞、原代细胞等样本,涵盖提核处理到数据分析全过程。今天小编就带大家来探一探实测数据,用稳定的结果说话。


数据分析内容


图1 安诺基因10x Genomics单细胞ATAC-seq分析内容展示

图1 安诺基因10x Genomics单细胞ATAC-seq分析内容展示


安诺基因10x Genomics单细胞ATAC-seq测序标准信息分析内容主要包括:


01  测序数据质量评估

02  测序序列的比对

03  染色质可接近性区域鉴定

04  细胞鉴定

05  细胞分群

06  转录因子差异分析


数据质控


图2 实测数据质控展示


图2 实测数据质控展示

图2 实测数据质控展示


在本批测试样本中,预期目标细胞数为8500个,经过细胞核计数及上样体系估算,最终获得了8658个有效细胞核的数据,且细胞及背景间能明确区分。每个细胞检测到的fragments中位数为30508,比对到目标区域(转录起始位点、DNase超敏感位点、增强子和启动子区域)的片段比率为82.5%(55%为合格),有效peaks片段占比为71.2%(25%为合格)。Q30方面,都达到了85%以上。


细胞聚类


图3 实测数据细胞聚类分析

图3 实测数据细胞聚类分析


利用peaks及对应的基因,分析获得细胞聚类结果,在测试数据中,基于染色质可接近程度,可将样本细胞分为13个亚群。


转录因子motif富集分析


图4 实测数据转录因子motif富集分析可视化展示

图4 实测数据转录因子motif富集分析可视化展示


转录因子结合在特定的motif上,利用10x Genomics单细胞ATAC-seq数据,可对peaks中的motif进行富集分析,同时可使用10x Genomics官方的可视化软件Loupe Cell Browser查看。

 

安诺基因10x Genomics单细胞ATAC优势


经验丰富:拥有丰富单细胞项目经验,合作单位100+

服务专业:可提供上门细胞核抽提及上门分选服务

保证周期:拥有45台10x Genomics官方推荐测序仪NextSeq™ 550AR ,文库即建即测


作为国内单细胞测序技术整体解决方案的提供商,目前安诺基因单细胞多组学研究具有全面的产品,覆盖三大组学(基因组、转录组、表观组),拥有丰富的项目经验、合作单位100+、物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+,能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略,使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。



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