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安诺单细胞10x Genomics应用指南-神经发育篇

2018-08-30

10x Genomics是目前商业化最成熟的细胞自动分选平台,是研究组织中不同细胞亚群类型和鉴定亚群marker的科研利器。近年10x Genomics应用研究大放异彩。之前小编为大家分享了10x Genomics单细胞转录组技术在肿瘤研究(点击即可回顾)和分化再生研究的应用(点击即可回顾),本期小编将继续为大家介绍该技术在神经发育研究的应用。


10x Genomics平台在不同研究领域的高分文章展示


案例一

皮质抑制中间神经元发育多样性机制探究


期刊:Nature

影响因子:41.577

研究领域:神经发育  

样本:小鼠胚胎脑组织


Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons[1]


大脑皮质中间神经元的不同亚群在高级脑功能中有重要的作用,研究使用10x Genomics单细胞转录组测序技术探究小鼠不同发育时期脑组织中的细胞多样性,发现神经节中有丝分裂祖细胞异质性的产生由特异转录因子表达和高度保守的成熟轨迹驱动。结合不同发育时期的转录组数据进行分析,鉴定出中间神经元的主要亚群,探究了中间神经元及其前体细胞之间基因转录水平的异质性,揭示了早期抑制性前体分子的多样性。


发育不同时期细胞多样性研究图[1]


案例二

单细胞转录组绘制果蝇脑细胞图谱


期刊:Cell

影响因子:31.398

研究领域:神经发育    

样本:果蝇脑组织


A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Aging Drosophila Brain[10]


研究使用10x Genomics单细胞转录组测序技术绘制出果蝇不同发育时期脑组织的细胞图谱,分析脑组织中不同的细胞类型和不同时期转录组动态变化,共鉴定得到87个主要细胞亚群,并根据其表达的marker基因进一步细化研究。分析发现衰老过程中,神经元细胞类型不变,但细胞中RNA表达量呈指数水平下降。利用大规模单细胞转录组测序技术可对组织进行细胞图谱的绘制,全面揭示衰老过程中细胞转录组的动态变化。


果蝇脑组织细胞图谱[10]


案例三

利用单细胞转录组鉴定松果体缰神经元


期刊:Current Biology

影响因子:9.251

研究领域:神经发育    

样本:斑马鱼脑组织


Comprehensive Identification and Spatial Mapping of Habenular Neuronal Types Using Single-Cell RNA-Seq[11]


鉴定细胞类型和marker基因是解析神经发育和神经功能的关键,但脑组织的复杂性阻碍了对不同细胞类型的研究。斑马鱼脑松果体缰是参与疼痛处理和学习能力的保守前脑中枢,也是神经功能研究的热点。文章利用单细胞转录组测序探索其大脑结构并绘制了相应的细胞图谱,得到了13000个松果体缰细胞的转录组数据,鉴定出18种神经元类型和多个marker基因,为解析松果体缰发育、功能和大脑不同区域的描绘提供了基因表达及细胞分群信息。


斑马鱼大脑松果体缰细胞分群和差异表达基因[11]


安诺基因10x Genomics特有优势


2017年起至今,安诺基因10x Genomics团队致力于为广大科研工作者提供更好的服务,拥有安诺特有分析优势和单细胞转录组整体解决方案,具备丰富的样本经验和项目经验


安诺10x Genomics项目经验


安诺10x Genomics团队目前已有多类样本经验,不仅包括常规样本(细胞系,不同物种组织消化制备的细胞悬浮液),在特殊的临床样本方面,也有丰富的经验(PBMC,实体瘤消化的细胞悬浮液)。


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参考文献:

[1]Mayer Christian, Hafemeister Christoph, Bandler Rachel C et al. Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons[J]. Nature, 2018,555(7697): 457-462.

[2]Buenrostro J D, Corces M R, Lareau C A, et al. Integrated single-cell analysis maps the continuous regulatory landscape of human hematopoietic differentiation[J]. Cell, 2018.

[3]Gorman Matthew J, Caine Elizabeth A, Zaitsev Konstantin et al. An Immunocompetent Mouse Model of Zika Virus Infection[J] .Cell Host Microbe, 2018, 23(5): 672-685.e6.

[4]Zeng An, Li Hua, Guo Longhua, et al. Prospectively Isolated Tetraspanin Neoblasts Are Adult Pluripotent Stem Cells Underlying Planaria Regeneration[J]. Cell, 2018,173(7):1593-1608.e20.

[5] Savas Peter, Virassamy Balaji, Ye Chengzhong et al. Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis[J]. Nature Medicine, 2018, 24(7): 986-993.

[6]Zhao Ting, Fu Yao, Zhu Jialiang, et al. Single-cell RNA-seq Reveals Dynamic Early Embryonic-like Programs during Chemical Reprogramming[J]. Cell Stem Cell, 2018, 23(1):31-45.e7.

[7]Lambrechts Diether, Wauters Els, Boeckx Bram, et al. Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment[J].Nature Medicine, 2018.

[8]Rambow Florian, Rogiers Aljosja, Marin-Bejar Oskar, et al. Toward Minimal Residual Disease-Directed Therapy in Melanoma[J]. Cell, 2018.

[9]Scott Charlotte L, T'Jonck Wouter, Martens Liesbet, et al. The Transcription Factor ZEB2 Is Required to Maintain the Tissue-Specific Identities of Macrophages[J]. Immunity, 2018.

[10]Davie Kristofer,Janssens Jasper,Koldere Duygu et al. A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Aging Drosophila Brain.[J] .Cell, 2018.

[11]Pandey Shristi, Shekhar Karthik, Regev Aviv, et al. Comprehensive Identification and Spatial Mapping of Habenular Neuronal Types Using Single-Cell RNA-Seq[J]. Current Biology, 2018,28(7): 1052-1065.e7.



文章来源于安诺基因



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