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开学逆袭攻略—Hi-C研究红宝书

2018-09-12

吃瓜追剧的日子转眼结束,大家是不是跟小编一样信心满满准备迎接新学期了呢?但是现实往往很骨感,上学期已经恍如隔世了,只留下没做完的实验和没理清的思路。面对实验室大神新奇的点子,怎么做才能在组会中脱颖而出,让BOSS刮目相看?别着急,小编整理了安诺基因Hi-C文章的研究思路,开学逆袭你值得拥有!


案例一  小鼠失活X染色体结构特征1


Structural organization of the inactive X chromosomein the mouse


发表期刊:Nature  

影响因子:38.14 

发表时间:2016.07     

合作方式:合作发表


研究思路:



文章特色:利用Hi-C、ATAC-seq、RNA-seq三种技术,揭示了在失活的X染色体结构重塑中非编码RNA DXZ4边界发挥着重要作用。


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案例二  基于杂交群体研究揭示北京鸭体格大小及羽色相关基因2


An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks


发表期刊:Nature Communications    

影响因子:12.4

发表时间:2018.07     

合作方式:提供服务


研究思路:



文章特色:国内首篇鸭子三维基因组研究。本研究结合Hi-C、WGS、RNA-seq等技术研究了北京鸭重要经济性状遗传机制,成功解析定位出北京鸭体型与羽色相关的主效基因。


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案例三  全基因组 Hi-C 揭示水稻染色三维构象3


Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive hierarchical chromatin interactions in rice


发表期刊:Plant Journal  

影响因子:5.9

发表时间:2018.05    

合作方式:合作发表


研究思路:



文章特色:国内首篇商业合作发表的植物Hi-C文章。文章对水稻染色体的三维结构进行了解析,证实了水稻中 compartment A/B 和local domains 的特征,进一步深入解析了水稻染色质的精细结构特点,包括 chromatin loops、self-looped 基因、IHI/KEEs 和FIREs 分析等。文章结果为进一步探索水稻和其他谷类作物的分子机制提供强有力的数据信息和理论参考。


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案例四  随机单等位基因表达在发育和疾病中的作用机制4


Developmental dynamics and disease potential of random monoallelic gene expression


发表期刊:Developmental Cell   

影响因子:9.7

发表时间:2014.02   

合作方式:合作发表


研究思路:



文章特色:研究发现部分随机单等位基因的表达在发育和人类常染色体显性疾病中发挥着重要的作用。这些基因的随机单等位表达可对其控制的发育周期进行微调,并且在基因突变情况下,随机单等位基因表达可对部分细胞中发生的功能缺失进行微调,这也将有助于对相关疾病的研究。


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案例五  HiC-Pro: 用于Hi-C数据处理的一种优化的灵活信息分析流程5


HiC-Pro:  an optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing


发表期刊:Genome Biology 

影响因子:10.81

发表时间:2015.12   

合作方式:合作署名


研究思路:



文章特色:可以将原始的Hi-C测序数据转化成标准化的相互作用图,同时运行时间大大缩短。


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案例六  HiTC:“C”数据的可视化6


HiTC: exploration of high-throughput ‘C’ experiments


发表期刊:Bioinformatics

影响因子:4.98

发表时间:2015.08 

合作方式:合作署名


文章特色:研究的HiTC软件包可以用于高通量“C”数据的可视化和分析,HiTC的优势之一是它在开源代码框架中运行。


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以上为安诺基因合作发表Hi-C相关文章,最后让我悄悄的告诉你作为业内三维基因组测序技术的引领者,安诺基因实现了动物、植物、微生物多物种高质量建库和大数据分析,在线项目100+,文库经验900+。了解了这么强大的安诺Hi-C,心动不如行动,赶快联系我们吧!


参考文献:

[1] Chong Jian Chen, Edith Heard, Job Dekker, et al.Structural organization of the inactive X chromosome in the mouse[J].Nature,2016.7.

[2] Zhou Z K, Li M, Cheng H, et al. An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage colorin ducks[J].Nature Communications, 2018, 9:2648.

[3] Dong Q L, Li N, Yuan Z, et al. Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive

hierarchical chromatin interactions in rice[J]. Plant Journal, 2018.

[4] Gendrel A V, Attia M, Chen CJ, et al. Developmental dynamics and disease potential of random monoallelic gene expression[J]. Developmental Cell,2014, 28(4):366-380.

[5] Servant N, Varoquaux N, LajoieB R, et al. HiC-Pro: an optimized and flexible pipeline for Hi-C dataprocessing[J]. Genome Biology, 2015,16(1):1-11.

[6] Servant N, Lajoie B R, Nora E P, et al. HiTC: exploration of high-throughput 'C' experiments[J].Bioinformatics, 2012,28(21):2843-4.  


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