在线交流|医学转录组特色分析解析
2018.09.18

随着测序技术的发展,精准医学为传统的医疗行业带来了巨大改变。瑞典学者对17种常见癌症8000多名患者的肿瘤样本进行了RNA测序及全转录组分析,建立了一个“人类癌症转录组学病理图谱”,该图谱描绘了数千个癌症相关的基因对患者生存的影响,以及潜在的新药物靶点[1]。癌症转录组病理图谱的完成,是医学上一场革命的开始,但这场革命的胜利还需要很长的时间。

为了让科研与临床更近一步,安诺基因推出了医学特色转录组。熟悉了常规转录组测序的客户,可能对这道“新菜”不甚了解,那么本期安诺生信讲堂将为您详细讲解医学特色转录组有哪些特点?如何助力科研与临床研究?


特点一:提供两套表达量与差异分析


与普通转录组相比,安诺医学转录组分析内容更丰富,同时提供基因以及转录本水平的表达定量(TPM + FPKM)以及差异分析结果,测序结果多方面分析展示,实现多角度多方位数据挖掘。



图1 安诺医学转录组分析流程图


特点二:新增癌症数据库注释


功能注释作为数据挖掘的基础,除常规Pfam、GO、KEGG数据库注释外,安诺医学转录组分析增加了差异基因转录因子以及癌症数据库(COSMIC)注释信息,有效鉴定关键调节因子,将差异基因与肿瘤等疾病关联,有助于深度揭示发病机制。


图2 安诺医学转录组注释数据库


特点三:新增融合基因及新生抗原等分析


安诺医学转录组重点关注医学特色领域的分析,打造了全面的医学领域客户感兴趣的分析内容,包括融合基因分析、新生抗原分析和癌症多组学联合分析等。其中融合基因分析,对成对肿瘤样本转录本层面融合基因检测,有效鉴定关键融合基因,助力靶药开发;新生抗原分析可实行转录组与基因组测序的联合分析,结果更精准;癌症多组学联合分析整合基因组水平变异信息以及转录表达水平变化,有助于进一步加深对机体发育和疾病发病机制的了解,是研究疾病发生、发展、监测、预后的重要手段。



图3 安诺基因医学特色转录组产品


那么,小编的剧透就先到这里,更多精彩内容敬请关注安诺基因最近一期的生物信息在线交流,由生信分析大神带您进行一场医学转录组的深入探索!


一)交流主题

安诺基因医学转录组特色分析解析

二)交流内容

1、医学转录组测序特色分析内容介绍;

2、什么是融合基因及融合基因研究意义;

3、什么是新生抗原及其在医学领域研究意义;

4、安诺医学转录组应用介绍。

三)交流时间

2018年9月19日(周三),15:00-16:00

四)交流平台

安诺基因生物信息交流1群(213357902)及2群(475638865)同步交流(1群已满,新加入的老师请加2群)

五)交流形式

视频/语音实时交流

六)主持人

转录组产品经理 范如婷

七)主讲人

高级信息分析工程师


注:进群时请务必备注姓名及工作单位。

您可以在评论里留下您感兴趣的问题,我们将对问题进行整理,在线交流的过程中主讲人将为您详细解答。


参考文献

[1] Uhlen Mathias, Zhang Cheng, Lee Sunjae et al. A pathology atlas of the human cancer transcriptome. [J].Science. 2017 Aug 18;357(6352).


文章来源于安诺基因


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