8个数据库包你搞定ncRNA
2018.01.25


随着RNA-seq的广泛应用,2017年lncRNA及circRNA数据呈现出爆发趋势,相关的数据库也在不断更新及完善中。lncRNA方面NONCODE已完成5次更新,并增加亚细胞定位、与甲基化联合分析、SNP变异分析等相关数据库;circRNA方面除circBase数据库外,新增可视化以及在线分析数据库—CircView/circlncRNAnet,翻译多肽预测工具,以及肿瘤特异性circRNA数据库等。


多样化的数据库资源,为广大研究者提供了数据挖掘的宝库,实现信息共享及在线分析的平台。结合ncRNA研究热点,小编对2017年相关数据库进行系统整合以供参考,更多数据宝藏等待着您的发现~

lncRNA

 NONCODE 

lncRNA最完整、最全面的数据库

网址:http://www.noncode.org/

NONCODE当前涵盖548640个非编码转录本,17个物种(包括人、小鼠、牛、大鼠等)。除常规表达谱、功能信息及保守性等注释外,数据库还新增3个重要功能:



01

构建人类lncRNA-疾病关系和单核苷酸多态性-ncRNA-疾病关系

02

显示人外泌体lncRNA表达谱

03

NONCODE人转录本的RNA二级结构预测[1]02


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lncATLAS


lncRNA亚细胞定位的数据库

网址:http://lncatlas.crg.eu/


lncRNA可通过多种方式发挥调控作用,细胞定位直接影响其参与分子功能的调控机制,lncATLAS就是一个专门收录lncRNA亚细胞定位的数据库。 LncATLAS收录了来源GENCODE注释的6768个lncRNA数据。该数据库以“Relative concentration index” (RCI)来评价具体定位,为FISH等细胞定位实验前提供了参考依据[2]

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03

Lnc2Meth

lncRNA和DNA甲基化调节关系

网址:

http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/


Lnc2Meth是一种交互式资源,可用于识别lncRNA和DNA甲基化之间的调节关系,有效地整合了用于计算和鉴定不同人类疾病中lncRNA和蛋白质编码基因(PCG)差异甲基化。Lnc2Meth极大地扩展了用户对各种人类疾病中lncRNA与DNA甲基化之间调控关系的理解[3]

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04

lncRNASNP2

 lncRNAs中SNPs和突变的综合信息及其对lncRNA结构和功能影响

网址:

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2


lncRNASNP2包含了141353个人类lncRNA转录本和117405个小鼠lncRNA转录本上的SNPs。此外,作者开发了在线工具,供用户分析lncRNA中的新突变,旨在保持lncRNASNP作为lncRNA及其突变的有用资源[4]

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circRNA

CircView

circRNA可视化程序

网址:http://gb.whu.edu.cn/CircView


CircView 可直观展示circRNA在基因上的位置,同时基于多个工具进行检索,并支持基于基因名字、circRNA位置、丰度排序。此外,CircView允许用户查看调控元件,如microRNA响应元件和RNA结合蛋白的结合位点。CircView 作为一种独特的工具来实现可视化及circRNA探索,帮助用户更好的了解circRNA潜在功能及设计功能实验[5]

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2

CircPro

预测分析circRNA翻译多肽的工具

网址:http://bis.zju.edu.cn/CircPro


CircPro是预测分析circRNA翻译多肽的工具。大多数circRNAs不具有编码能力,但最新研究表明,一些circRNA中包含核糖体RNA结合位点(IRES),可在体内编码翻译产生蛋白质。为了深入了解circRNA翻译的新领域,作者引入了一种综合工具,能够从高通量测序数据中检测具有蛋白质编码潜力的circRNAs[6]


CSCD

肿瘤特异性circRNA数据库

网址:http://gb.whu.edu.cn/CSCD


CSCD数据库从ENCODE中收集了19种肿瘤类型的87种细胞系及141种正常细胞的circRNA数据,构建了该数据库。共汇总得到272152种肿瘤特异性的circRNAs,950962种正常细胞特异的circRNAs,收集了1394023种circRNA分子[7]

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04

circlncRNAnet

整合lncRNA和circRNA的功能网络的在线分析数据库

网址:http://app.cgu.edu.tw/circlnc/


circlncRNAnet主要是关于lncRNA和circRNA功能研究的数据库,是近年来ncRNA领域不可多得的在线友好数据分析工具。


总结起来该数据库主要有如下三大优点:



1


用户可提交分析自己的lncRNA和circRNA芯片或测序的表达数据;


2


整合了TCGA数据库20多个肿瘤类型数据,无需编程实现在线可视化分析;


3


分析模块非常丰富,包括lncRNA组织表达热图、箱线图、共表达散点图、circos图,基因功能富集分析GO和KEGG图,还有RBP-RNA结合蛋白网络图,miRNA网络图等[8]

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参考文献

[1]Fang S S, Zhang L L, Guo J C, et al. NONCODEV5: a comprehensive annotation database for long non-coding RNAs[J]. Nucleic Acids Research, 2017.


[2]Mas-Ponte D, Carlevaro-Fita J, PalumboE, Pulido TH, Guigo R, Johnson R. LncATLAS database for subcellular localization of long noncoding RNAs[J]. Rna. 2017, 23(7):1080-7.


[3]Hui Zhi, Xin Li, Peng Wang, et al. Lnc2Meth: a manually curated database of regulatory relationships between long non-coding RNAs and DNA methylation associated with human disease[J].Nucleic Acids Research, 2017.

[4]Miao Y R, Liu W, Zhang Q, et al. lncRNASNP2: an updated database of functional SNPs and mutations in human and mouse lncRNAs[J]. Nucleic Acids Research, 2017.


[5]JingFeng, Y.X., Siyu Xia, Huan Liu, et al. CircView: a visualization and exploration tool for circular RNAs[J]. Briefings in Bioinformatics, 2017.


[6]Xianwen Meng, Q.C., Peijing Zhang, Ming Chen, CircPro: an integrated tool for the identification of circRNAs with protein-coding potential[J]. Bioinformatics, 2017.


[7]Siyu Xia, J.F., KeChen, et al. CSCD: a database for cancer-specific circular RNAs[J]. Nucleic Acids Research, 2017.


[8]Wu, S M., et al. circlncRNAnet: An integrated web-based resource for mapping functional networks of long or circular forms of non-coding RNAs[J]. Gigascience, 2017.


文案:转录组产品经理 王亚男

设计:胡珊珊



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