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看大师兄教你如何实现转录组测序百搭神助力!

2018-07-25

女施主:“大唐圣僧,您自东土而来想必见多识广,学术渊博。”

八戒:“女施主有礼了,您有什么想了解的尽管问,不必给俺老猪客气,哈哈。”

女施主:“敢问这书上说的转录组的多组学联合分析怎么解析呢?”

八戒:“这……这….大师兄,这可如何解释才好?还是你帮忙解答一下吧”

猴哥:“呆子,平时不读书不看报,这下不懂了吧!”


转录组就是…..多组学联合是……..


转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构特征,并且对揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理具有重要作用。转录组测序技术是广大科研人员做转录组研究的惯用策略,应用上来看转录组测序是一个非常百搭的技术,可以和多种其他层面技术手段相结合,进而深入剖析细胞内在的分子作用机制。

另外,随着测序成本的降低,以及发高水平文章对信息挖掘的期望,也促使更多学者的目光聚焦到转录组与其他多组学技术联合应用上,下面我们来逐一盘点~


 搭配基因组

基因组测序技术可以从DNA层面筛选出遗传变异的信息,将研究对象的表型进行系统定性研究,转录组测序可以从RNA层面分析显著差异表达基因,及关键基因的通路富集分析,通过联合分析,可将研究焦点定位到基因组上突变基因对应的差异表达及功能分析。此类搭配组合已广泛应用于生物学领域、疾病领域等研究中[1-3]


转录组与基因组联合应用示例

转录组与基因组联合应用示例


搭配甲基化

DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。研究表明[4]利用甲基化差异信号不但能够检测早期癌症,还能够溯源肿瘤的具体位置,其在医学及生物学领域的应用也非常广泛[5],与转录组进行搭配组合,更能擦出更多绚烂的火花。


转录组与甲基化联合应用示例

转录组与甲基化联合应用示例


搭配HiC技术

HiC技术搭配转录组测序技术进行联合分析,可将结构特征与基因功能相关联,从而探索染色体结构变化与基因表达调控之间的关系[6],从基因调控网络的维度来阐述生物体性状形成的相关机制。


转录组与Hi-C联合应用示例

转录组与Hi-C联合应用示例


搭配蛋白组技术

转录组研究的基因表达不仅是从转录组到蛋白质组的单向流动,而是关注两者的相互连接。对功能调控的了解通常限于特殊的信号途径,要了解转录组和蛋白质组之间的相互调控作用,就需要对RNA和蛋白质的表达进行同步监测及关联分析[7]。所以转录组与蛋白组搭配也是科研工作者们惯用策略。


转录组与蛋白组联合应用示例

转录组与蛋白组联合应用示例


看完如上列举的转录组与其他技术联合应用的示例,是不是觉得转录组测序技术就如同孙悟空的看家技能一般,可随心所欲的幻化以搭配其他技能来应用于科研领域中~当单一组学研究无法满足您的研究需求时,不妨尝试多组学联合分析哦,上述介绍的转录组百搭法宝,在安诺都可以实现,还不抓紧时间来安诺体验呢!


参考文献

[1]Hao Ning,Du Yalin,Li Huiyuan et al. CsMYB36 is involved in the formation of yellow green peel in cucumber (Cucumis sativus L.)[J] .Theor. Appl. Genet., 2018.

[2]Wang Guanglu, Shi Ting, Chen Tao et al. Integrated whole-genome and transcriptome sequence analysis reveals the genetic characteristics of a riboflavin-overproducing Bacillus subtilis[J]. Metab. Eng., 2018, 48: 138-149.

[3]Styrkarsdottir U, Helqason H, Siqurdsson A, et al. Whole-genome sequencing identifies rare genotype in COMP and CHADL associated with high risk of hip osteoarthritis[J]. Nat Genet, 2017, 49(5): 801-805.

[4]Guo Shicheng, Diep Dinh, Plongthongkum Nongluk et al. Identification of methylation haplotype blocks aids in deconvolution of heterogeneous tissue samples and tumor tissue-of-origin mapping from plasma DNA[J] .Nat. Genet., 2017, 49(4): 635-642.

[5]Lai Keng Po, Li Jing Woei, Chan Ting Fung et al. Transcriptomic and methylomic analysis reveal the toxicological effect of 2,3,7,8-Tetrachlorodibenzodioxin on human embryonic stem cell[J] .Chemosphere, 2018, 206: 663-673.

[6]Rosa-Garrido M, Chapski D J, Schmitt A D, et al. High Resolution Mapping of Chromatin Conformation in Cardiac Myocytes Reveals Structural Remodeling of the Epigenomein Heart Failure[J]. Circulation.2017 ,136 (17) :1613

[7]Huang Kuan-Lin, Li Shunqiang, Mertins Philipp et al. Corrigendum: Proteogenomic integration reveals therapeutic targets in breast cancer xenografts[J] .Nat Commun, 2017, 8: 15479.



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