【数据实测】IsoSeq3全新升级,全长转录组分析再提速
2018.07.26


全长转录组测序 (Iso-seq) 在2014年C位出道,如今可谓是转录组学研究的当红小生。相比传统方法,基于PacBio三代测序的Iso-seq能够更精准地得到转录本信息,适用于研究转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、同源基因、融合基因等。

全长转录组测序(Iso-seq)分析流程
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全长转录组测序(Iso-seq)分析流程

全长转录组测序(Iso-seq)分析流程

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下面让我们从分析流程和实测数据两方面来为您介绍:

Iso-seq采用了三步走的分析流程,即:一致性序列—分类—聚类/校正(CCS–Classify–Cluster&Polish)。该流程原本采用的繁复运算对资源要求极高,导致分析周期较长。

为提升分析速度,IsoSeq3软件在算法方面进行了深度优化。其中,分类环节采用了最新的Lima算法来侦测全长序列。其次,聚类环节使用n*log(n)分层比对算法替代了目前的多步聚类流程,仅一次运算即可完成。最后,由于高通量的Sequel平台已能产出足够的全长序列(FL),校正环节已无需借助非全长序列(nFL)来完成。在摒弃以往的繁复运算后,IsoSeq3的分析效率在理论上将得到大幅提升。


新旧IsoSeq软件分析流程介绍
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新旧IsoSeq软件分析流程介绍

新旧IsoSeq软件分析流程介绍

那么,理论上的效率提升能否体现在实际的项目分析中呢?安诺基因采用多组项目数据对IsoSeq和IsoSeq3进行了严密对比,现公布对比结果。请大家注意,干货来啦!

表1 新旧IsoSeq软件同项目实测数据对比

表1 新旧IsoSeq软件同项目实测数据对比
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表1 新旧IsoSeq软件同项目实测数据对比

表2 新旧IsoSeq软件同项目全长转录本相似性对比

表2 新旧IsoSeq软件同项目全长转录本相似性对比
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表2 新旧IsoSeq软件同项目全长转录本相似性对比

结论:

1) IsoSeq3软件将分析周期从原来的3周大大缩短至2天!

2) 新旧IsoSeq软件获得的高质量转录本相似性极高(e-value = 1.00E-10),且转录本平均长度几乎完全一致。

3) IsoSeq3大幅降低了低质量转录本数目。

由此可见,全新的IsoSeq3软件在保证分析质量的同时,大幅提升了分析速度。

依托10台Sequel高通量测序仪以及全新的IsoSeq3软件,安诺基因将在测序通量和分析速度两方面领导全长转录组市场,助力中国科研事业。


今天,您的全长转录组研究升级了吗?


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