全基因组范围内鉴定水稻生殖发育相关的长链非编码RNA
Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice


1. 共获得3.89×108 条reads;经比对分析,得到2224 条lncRNA,包括1624 条lincRNA 和600 条lncNATs 。
2. 水稻的lncRNA 与拟南芥和动物细胞内的lncRNA 有着显着区别,表现出极高的组织特异性和发育阶段特异性,且很多lncRNA 跟水稻的生殖功能相关(图1)。

图1 高表达的lncRNA 与蛋白编码基因在17 个时期/ 组织特异表达
3. 构建了水稻相关lncRNA的插入突变库。通过比对突变体数据库,发现和lncRNA相关的突变体与表型的关联,分为两类,一类和生殖繁殖有关,如不育、异常的圆锥花序等;另一类与植株生长相关,如植株高度、发芽等。
4. 部分lncRNA 为内源性竞争RNA,可削弱细胞内miR160、 miR164 的功能,调节microRNA 靶基因的表达,从而发挥生殖调控作用(图2)。

图2 水稻lncRNA 的功能分析
5、通过将含有T-DNA 插入体的lncRNA 导入水稻,寻找到与花序的发育和生殖能力紧密相关的lncRNA。
Zhang Y C, Liao J Y, Li Z Y, et al. Genome-wide screening and functional analysis identify a large number of long noncoding RNAs involved in the sexual reproduction of rice[J]. Genome Biology, 2014, 15(12): 512.