2022年，空间组学技术再登Nature，被评为值得关注的七大年度技术之一。空间转录组技术将完整组织切片中细胞的基因表达数据与其所在的空间位置信息相结合，在识别不同细胞群的同时保留其原有的空间位置。并以应用领域超广泛，多组学方案超丰富，文章发表超便利的三大优势迅速蹿红。但以往的空间组学研究难以扩大样本的使用范围，解锁更多的应用场景，描述更精细的生物学图像，因此Visium CytAssist应运而生。
01 实验流程
在样本制备环节，首先在标准载玻片上制备组织切片，随后对切片进行脱蜡、染色和成像。正式开始实验时，对切片进行解交联并与探针杂交，捕获切片中的转录本信息。通过Visium CytAssist仪器，可将切片信息从载玻片转移到Visium玻片的探针捕获区域。将两张标准载玻片和一张含两个捕获区域的Visium玻片放入仪器内，载玻片上的组织切片会与两个Visium捕获区域对齐，因此可以做到准确还原贴片位置。后续进行切片的建库测序和分析工作。
02 产品优势
需要更大芯片覆盖更大样本，加速周期怎么办？
CytAssist具有更大的捕获芯片（6.5*6.5mm/11*11mm两种可选），方便老师根据组织块大小灵活选择。同时两个样本就可同步实验，减少多样本凑样难题，助力实验快速高效进行。
已贴在玻片上的样本\预先染色再选片的样本怎么办？
针对FFPE不同保存状态的样本，CytAssist兼容性更强。因为前期切片、脱蜡以及染色和成像的步骤是在标准载玻片上进行的。所以不论是老师已经预先贴在玻片上的样本，还是需要预先染色（HE或IF）再选片的样本，CytAssist都可顺利继续开展实验。
需要更准确的基因信息怎么办？
CytAssist应用升级版本的探针，其捕获的灵敏度更好、更准确，较高的基因捕获数可以使得注释的细胞种类和基因种类更多。
FFPE样本质量不够好怎么办？
FFPE样本样本要求更低，建议老师尽量选取3年内的样本，质检DV200≥30%即可开展进一步实验。
03 数据为王
数据为王，下面我们就来看看最新的实测数据吧，Visium CytAssist的实际表现如何呢？
表1 Visium CytAssist的实测数据展示
不论是FF样本还是FFPE样本，不论是肿瘤组织还是健康组织，不论是6.5*6.5mm还是11mm*11mm的芯片，Visium CytAssist的数据质量都是比较好的，基因中位数和UMI中位数都有不错的检出。值得注意的是，人肾脏和FFPE样本和人脑胶质瘤的FFPE样本，两者的DV200都小于50%。也就是说，即使是保存时间较长，质量略有下降的样本，CytAssist检测也会得到不错的结果。
04 注意事项
切片厚度：FFPE样本推荐切片厚度为5 μm；FF样本推荐的切片厚度为10 μm。
样本质量：FFPE样本要求DV200≥30%；FF样本取材时尽可能保证组织的新鲜度（离体后尽快固定），操作中不损伤研究区域。
运输要求：FFPE样本常温保存常温运输；FF样本-80 °C保存干冰运输。
其他要求：
应用6.5*6.5mm芯片，贴片的目标区域应小于 6.5*6.5mm；
应用11*11mm芯片，贴片的目标区域应小于 11*11mm;
按推荐的载玻片进行准备，完成贴片。实际送样时，需标记好切片方向及位置。
注意事项：Visium CytAssist适用物种仅包括人和小鼠。
表2 官方推荐的四款玻片型号
