长链非编码RNA（long non-coding RNA）是一类长度大于200 bp，不编码蛋白的RNA，广泛存在于生物体内。采用rRNA去除链特异性的建库方法进行文库构建，利用高通量测序技术，一次性获得单碱基分辨率的lncRNA序列信息，依托生物信息分析平台，鉴定已知lncRNA，并预测新的lncRNA及其靶标。
| 产品类型 | 测序平台及策略 | 推荐数据量 | 周期 |
| lncRNA测序 | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 PE150 | 12G clean data / 24G clean data | 36天 |
| 产品类型 | 样品要求 | |
| lncRNA | 样品需求量 | 人、大鼠、小鼠样品：≥1 μg；植物叶片、茎类样品≥2 μg；其他植物、微生物类样品≥2μg； |
| 样品浓度 | 人、大鼠、小鼠样品：≥100 ng/μl；植物叶片、茎类样品≥100 ng/μl；其他植物、微生物类样品≥100 ng/μl； | |
| 样品纯度 | OD260/280=1.8~2.2； | |
| RNA完整性 | 植物样品RIN≥6.5；动物样品RIN≥7；昆虫样品≥7。 | |
lncRNA测序明确和体细胞核移植胚胎相比，山羊体细胞核转移胚胎中差异表达的lncRNA功能主要和细胞增殖、发育、多能干细胞调节等过程等密切相关，通过lncRNA-mRNA互作关系确定lnc_3712作为后续重点研究对象。
图1 通过lncRNA-mRNA互作关系，确定lncRNA_3712
通过转录组测序明确了lnc_3712敲降改善了胚胎基因组激活阶段体细胞核转移胚胎的基因转录，其中体细胞核移植胚胎中三个关键合子基因组激活基因的转录重编程和表达得到了恢复。
图2 敲降lncRNA_3712后对于体细胞核移植胚胎中相关基因表达的影响
在lnc_3712敲降后的体细胞核移植胚胎中，组蛋白去甲基化酶Kdm5b的表达增加，H3K4me3修饰在山羊的4细胞体外受精胚胎到囊胚阶段逐渐被移除，胚胎生长效率提高。lnc_3712通过Kdm5b正向调控H3K4me3修饰。
图3 lnc_3712通过Kdm5b正向调控H3K4me3修饰
Deng M , Wan Y , Chen B , et al. Long non-coding RNA lnc_3712 impedes nuclear reprogramming via repressing Kdm5b[J]. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2021.
