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做单细胞不懂CellMarker可还行,一文带你get核心知识点
发布时间:2024-02-18

细胞标志物(Cell Marker)是用来对细胞定义和分选的重要标志,无论是在流式细胞术等湿实验对特定细胞类型进行捕获,还是在单细胞测序数据中精确鉴定细胞类型,都需要借助Cell Marker。2018年,哈尔滨医科大学李霞教授团队建设完成CellMarker数据库[2]。2022年,CellMarker 2.0数据库升级版在Nucleic Acids Research发布[3],新增一系列单细胞测序数据分析相关的功能,CellMarker 2.0亮点可以概括为以下几个方面:


1)新增36,300个组织细胞类型标记条目、474个组织、1,901个细胞类型和4,566个marker基因。当前版本招募了26,915个marker基因、2,578个细胞类型和656个组织,总共有83,361个组织细胞类型标记条目;


2)新增来自10x Chromium、Smart-seq2、Drop-seq等48种测序技术来源的标记信息;


3)新增29种细胞标记,包括蛋白编码基因、lncRNA、假基因等;


开发了6种灵活的网络工具,包括细胞注释分析、细胞聚类分析、细胞恶性分析、细胞分化分析、细胞特征分析和细胞通讯分析,用于单细胞测序数据的分析和可视化。


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CellMarker 1.0

网址:

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

http://xteam.xbio.top/CellMarker/

包括人和小鼠的细胞类型的marker基因收集。


CellMarker 2.0

网址:

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

http://117.50.127.228/CellMarker/


CellMarker 2.0功能介绍


人和小鼠marker基因


与旧版本相比,CellMarker 2.0除丰富了marker基因的数目和细胞种类外,最主要的是增加了scRNA参考文献的marker基因表格。点击“阅读原文”即可获取下载链接。


Cell tools


目前cell tools功能可以对网站上已有的单细胞数据和细胞类型(目前不能上传个人数据)进行各种分析,包括:cell annotation(特定组织细胞类型基因热图展示)、cell clustering(某个数据集细胞类型umap/tsne可视化)、cell malignancy(某个数据集细胞类型infercnv结果展示)、cell differentiation(某个数据集细胞类型发育轨迹展示)、cell feature(某个数据集细胞类型基因集可视化绘图)、cell communication(某个数据集细胞类型细胞通讯分析)。


以下小编给大家分享前3种功能展示,其他功能使用方法类似。


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cell annotation


选择物种和组织,输入要绘制的基因list,便可以呈现在各个celltype的基因表达热图情况(细胞类型较多的时候,legend会挤在一起),如下图所示。


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cell clustering


可以选择某个数据集,对其cluster和celltype进行umap/tsne展示,还可以查看每个cluster的marker基因表格,但没有按照celltype定义的marker基因表格,如下图所示。


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cell malignancy


可以选择某个数据集,所有细胞类型进行infercnv结果展示,如下图所示。


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常见细胞类型marker基因


PTPRC,CD3E,CD3D,CD3G,CD4,CD8A,CD8B,NKG7,GNLY,MKI67,CD79A,MS4A1,IGHG1,CD79A,MZB1,IGLC2,CSF1R,CD68,S100A8,S100A9,FCGR3B,CSF3R,MS4A2,TPSAB1,TPSB2,CPA3,EPCAM,VWF,PECAM1,FN1,COL1A1

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以上是关于CellMarker 2.0数据库的核心内容介绍,有问题的小伙伴们可以在安诺基因公众号后台给我们留言哦~


参考资料

[1] http://117.50.127.228/CellMarker/index.html #官网

[2] CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research. 2018.

[3] Hu C, Li T, Xu Y, Zhang X, Li F, Bai J, Chen J, Jiang W, Yang K, Ou Q, Li X, Wang P, Zhang Y. CellMarker 2.0: an updated database of manually curated cell markers in human/mouse and web tools based on scRNA-seq data. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D870-D876. doi: 10.1093/nar/gkac947. PMID: 36300619; PMCID: PMC9825416.