单细胞转录组测序

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单细胞转录组测序 (Single Cell RNA Sequencing)是在单细胞水平对mRNA进行全转录组扩增及高通量测序的一种技术,研究单个细胞内的整体基因表达情况,以及基因的结构变异;主要用于细胞分子机制中细胞异质性研究、以及样本量少而无法进行常规高通量测序等。


产品优势
  • 扩增技术
    SMART-seq2技术能够满足高敏感度、无偏好性的cDNA转录本的扩增,也能够富集完整全长的转录本,并且可以维持原始mRNA各转录本的丰度。
  • 分析内容
    以基因表达水平和基因结构水平分析为两大支柱;其他包括转录因子的注释和细胞亚型分类等模块;可以根据客户具体需求提供个性化分析服务及多组学关联分析。
  • 合作文章成果
    《Science》、《Nature》、《Cell》、《lmmunity》、《Nature Communications》等多篇文章,总影响因子达到400+。
  • 项目经验和物种经验
    3000+项目经验;测序物种包含人、小鼠、大鼠、斑马鱼、牛、马、羊、猪、纤毛虫、拟南芥等。
应用领域
  • 癌症研究
  • 胚胎发育研究
  • 细胞异质性研究
  • 细胞分化研究
  • 免疫研究
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 送样要求
细胞分离由合作方完成单细胞分离;
样品类型活体新鲜完整细胞;不适于经固定、染色等处理的样本;
样品体积在显微镜或其他设备辅助下分离,得到的单细胞样本体积以不高于1μL为宜;
送样量建议重复单细胞样本个数不小于5个。
其它要求直接使用公司提供的0.2mL平盖PCR管作为采集管,管盖标注编号;细胞样本需采用缓冲液洗涤;裂解液避免反复冻融,注意避免起泡;
操作过程中请尽量将采样管置于低温环境下(如冰上)。样本采集管需要用Parafilm封口膜缠绕封口,装入PCR管盒,橡皮筋固定,再装入自封袋,-80℃暂存,大体积干冰运输;防止液体状态下管身颠倒使细胞附于采样管内壁上部;
送样量:单细胞转录组扩增,建议重复单细胞样本个数不小于5个;
细胞采样后,请置于96孔管盒中,避免采样管倾倒,尽快寄送,若需保存请置于-80℃。
单细胞转录组测序揭示精子tsRNA促进获得性代谢紊乱的跨代遗传
Sperm tsRNAs contribute to intergenerational inheritance of an acquired metabolic disorder
期刊:Science    发表时间:2015. 12    发表单位:中科院动物所等    影响因子:33.611
研究背景

越来越多的证据表明:子代的代谢紊乱现象可以从父亲的饮食中觅得踪迹,但其机制仍不明了。研究人员在高脂饮食诱导的父代肥胖小鼠模型中,发现一类成熟精子中高度富集的小RNA(tsRNAs)可为一种表观遗传信息的载体,将高脂诱导的父代紊乱表型传递给子代。

设计思路

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研究结果

父代获得性代谢紊乱性状通过精子tsRNA向F1代传递


研究通过从第五周开始持续喂食F0代雄性老鼠6个月高脂食物(HFD),获得了父亲饮食诱导代谢紊乱的老鼠模型。将HFD和ND组的精子总RNA分别注射进正常的受精卵中,发现来源HFD组精子的后代葡萄糖耐受性受损。通过对HFD组和ND组精子RNA组分的进一步研究发现,片段大小30~40 nt的tsRNA组分造成F1子代代谢紊乱。


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图1 精子tsRNA 将父代获得性代谢紊乱传递给F1代



高脂肪饮食父亲小鼠精子的tsRNA使得F1代早期胚胎的基因表达差异化


研究者收集注射了ND和HFD精子tsRNA后的8细胞时期和胚囊期的小鼠胚胎进行比较转录组学分析,发现父本精子的tsRNA影响了子代早期胚胎转录本的变化,差异基因的功能分析揭示HFD的子代小鼠中,多条代谢通路及细胞功能受到了影响,这些差异影响了F1代从胚胎期到成年的代谢基因表达水平,并最终影响F1代的表型。


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图2 来自高脂肪饮食父亲小鼠精子的tsRNA 使得F1代早期胚胎的基因表达差异化

参考文献

[1] Picelli, S., et al. Smart-seq2 for sensitive full-length transcriptome profiling in single cells[J]. Nature Methods. 2013, 10(11): 1096-1098.
[2] Q Chen, et al. Sperm tsRNAs contribute to intergenerational inheritance of an acquired metabolic disorder[J]. Science. 2015, 351(6271):1173-1179.

  • 常见的单细胞分选方法及优缺点?
    A:

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