医学lncRNA

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医学lncRNA测序基于lncRNA测序技术研究疾病样本和正常样本中基因/转录本表达及差异分析,结合全面的功能注释解析致病机制,助力生物标记物鉴定及靶药开发,加速临床转化。


产品优势
  • 稳定高通量实验平台
    拥有多台自动化提取、自动化建库平台,高质量完成实验任务
  • 出色的建库质量
    采用官方指定、主流期刊认可建库试剂,建库成功率>98%
  • 严格的质控标准
    从样品入库到数据交付各环节严格质控
  • 实用的医学特色分析
    新增转录本分析、肿瘤微环境、新生抗原、融合基因等多项医学特色分析
  • 专业的医学分析团队
    配备专业的医学转录组生物信息分析工程师团队,提供优质的服务
  • 灵活的个性化分析
    拥有转录组个性化分析库满足客户需求,项目经验10000+,分析工具100+
应用领域
  • 肿瘤发生转录调控机制
  • 肿瘤异质性或分型研究
  • 疾病生物标志物研究
  • 疾病融合基因深层挖掘
  • 疾病相关可变剪切研究


19、医学lncRNA.png


产品类型测序平台及策略推荐数据量周期
医学lncRNA测序

NovaSeq 6000 PE150

DNBSEQ-T7 PE15

12G clean data / 24G clean data40天

产品类型样品要求
lncRNA样品需求量人、大鼠、小鼠样品:≥1 μg;植物叶片、茎类样品≥2 μg;其他植物、微生物类样品≥2μg;
样品浓度人、大鼠、小鼠样品:≥100 ng/μl;植物叶片、茎类样品≥100 ng/μl;其他植物、微生物类样品≥100 ng/μl;
样品纯度
OD260/280=1.8~2.2;
RNA完整性植物样品RIN≥6.5;动物样品RIN≥7;昆虫样品≥7。
SHQ1调控RNA剪接是T淋巴细胞白血病细胞存活的必要机制
SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival
期刊:Nature Communications    发表时间:2018.10    影响因子:12.353    合作单位:武汉大学    合作方式:提供服务    研究对象:T细胞急性淋巴细胞白血病患者
研究背景

T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种致命侵袭性血液系统恶性肿瘤,常发病于儿童和青少年,约占新诊断儿科ALL的10 15%。虽然强化化疗方案实施后临床缓解接近90%,但复发或难治性T-ALL患者的预后较差,治愈率低于40%。这一临床挑战推动了对T-ALL发病机制的分子机理研究,在过去十年中,对T-ALL病例的基因表达谱分析已经完成T-ALL亚组的鉴定,每个亚组的特征是一个特定转录因子的异常表达,如TAL1、TLX1和LMO1/2。


设计思路

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研究结果

研究结果发现癌蛋白NOTCH1直接转录激活SHQ1,促进其异常高表达。SHQ1参与RNA-蛋白复合体H/ACA snoRNP的组装,介导剪接体U2 snRNA假尿嘧啶化,促进白血病细胞中RNA高效剪接,对T-ALL细胞的生长存活和T-ALL的发生发展至关重要。RNA深度测序结果表明,SHQ1失活能够诱导基因组范围剪接效率降低,其中表达量明显下调的关键分子是癌基因MYC。过表达MYC蛋白能有效挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。这项研究结果不仅阐明了SHQ1在 RNA修饰、RNA剪接和T细胞白血病中的重要生物学功能,还揭示了癌基因MYC转录后调控的新机制。

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图1 SHQ1在T-ALL中的特异性高表达


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图2 NOTCH1-SHQ1-MYC轴促进T细胞白血病发生的模型


文章亮点

作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。

参考文献

Su Hexiu,Hu Juncheng,Huang Liang et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival[J]. Nat Commun, 2018, 9: 4281.

  • Q: 组织样本血渍没有洗净对 lncRNA 提取的影响?
    A:
    影响主要分为两个方面:第一,血液中的内源 RNA 降解酶含量较多,血液残留可能引起组织块中 RNA 的降解。第二,样本切割下来后样本表面血渍较多,在前处理不进行清洗,导致在提 取过程中将组织和血渍一并提取,血液需要抗凝剂进行保存,裸露在外的血液极易发生降 解,因此带血渍的组织样本提取后的核酸大部分都是降解的,实际上组织并未降解,但是核酸中参杂着很多降解的小片段的血渍核酸,影响了整体的核酸完整性。

  • Q: 医学lncRNA转录组测序分析中的COSMIC注释分析有什么作用?
    A:
    医学转录组测序产品在分析流程中增添了很多医学特色的分析,如COSMIC注释,新生抗原预测,WGCNA分析等。COSMIC注释分析就是其中的一项。COSMIC是研究癌症相关体细胞突变位点的最大的数据库之一,医学转录组中此模块分析可以帮助找到关键的肿瘤相关基因。