NovaSeq 6000 测序服务



建库测序10天;纯测序包lane3天;纯测序散样7天


送样标准
    文库类型     质量标准体积(μL)QPCR浓度
(nM)
质量浓度
(ng/μ)
   容器   
NovaSeq 6000平台文库

1. 小片段污染<5 %;

2. 片段范围200-1500bp(起峰到落峰);

3. 碱基平衡性;

4. 主峰在270-600 bp。

单 G/包 lane 测序≥30 包 FC 测序≥75>3>11.5mL 离心管


注:
Qubit检测浓度要求与文库插入片段直接相关,上机定量以QPCR浓度为准(摩尔浓度(nmol/L)=1515*质量浓度(ng/μl)/平均插入片段大小);如文库浓度>40ng/μl(片段大小为350bp时,摩尔浓度为173.1 nM),则建议客户将文库浓度稀释至20ng/μl左右(片段大小为350bp时,摩尔浓度为86.6 nM)”;若文库引物二聚体比例>5%或文库片段大小偏差>10%则需要科技服务科技服务项目管理与客户沟通,风险上机客户需承担相应风险。当文库QPCR浓度为1-3nM时,公司根据实际情况可风险上机,但不承诺产出;文库QPCR浓度<1nM时,不再接入上机测序。

测序质量

NovaSeq 6000系统充分整合了illumina 台式测序仪成熟技术,其测序通量高、测序周期短、测序单价低,适用于包括全基因组、外显子、转录组、表观类、单细胞类等几乎所有文库类型的测序。


1、数据量


以下统计了安诺近期NovaSeq 6000 S4 PE150 50张Flow Cell(200条lane)碱基平衡文库的数据产出,从数据统计结果可以看出,平均每张Flow Cell数据产出3.73Tb,平均每条lane数据产出932.4Gb,远超出Illumina官方指标。


Novaseq 6000 S4 PE150 测序数据统计

数据产出Tb/FC实际统计FC数百分比
>4.0 T24.00%
3.8-4.0 T918.00%
3.6-3.9 T3162.00%
3.4-3.6 T48.00%
3.2-3.4 T48.00%


2、数据质量


以下测序统计显示,NovaSeq 6000 S4 PE150测序数据平均Q30在90%以上。


Novaseq 6000 S4 PE150 测序数据统计

文库类型Q30范围平均Q30
≥95%85.9~95.6%91.8%


结果展示

1、碱基质量分布图


碱基测序质量反映了测序错误率,质量值越大,错误率越小。


1.png


2、碱基含量分布图


碱基含量分布图用于检测有无AT、GC分离现象,而这种现象可能是测序或者建库所带来的,它会影响后续的定量分析。理论上每个测序循环上的GC及AT含量应分别相等,且在整个测序过程基本稳定不变,呈水平线,而N含量也反映了测序质量的好坏。


2.png


平台参数
类别官方指标安诺基因产出
每次运行最大的芯片数2
每次运行lane的数量2*4(1张芯片有4条lane)
每次运行的通量4.8-6.0 Tb6.4~6.8 Tb
每条lane的通量600~750Gb800~850 Gb
支持的读长2*150 bp(PE150)
运行时间~48h
碱基质量Q30≥80%Q30≥85%