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Hi-C又出新品？无需多组学，肿瘤研究新突破

世界上没有两片完全相同的树叶，也没有两个完全相同的肿瘤细胞。

大数据时代，我们很容易找到每个肿瘤样本中成千上万的突变，

但我们对肿瘤致病机理的认识却九牛一毛。

发现，每一个肿瘤样本的独特结构，

打开，你不曾触及的染色质构象视角。

安诺肿瘤Hi-C，一个为肿瘤样本染色质构象研究量身定制的一站式平台，他的闪光点，你值得期待～

低至一万个细胞建库，珍稀样本的建库福音

一直以来，近千万个级别细胞的Hi-C文库构建标准，极大限制了肿瘤研究领域微量样本的染色质构象解析及深入的研究探索。安诺肿瘤Hi-C，成功突破了样本量“高不可攀”的建库门槛，专业解决珍稀样本的Hi-C建库问题。

1）样本要求

悬浮细胞、贴壁细胞、新鲜组织

2）样本个数

≥2个，实验组、对照组

3）样本量需求（单个文库）

常规：5×106个细胞/100 mg新鲜组织；

低样本量：1×104个细胞/10 mg新鲜组织。

4）样本前处理

新鲜样本甲醛固定后，-80℃冻存，干冰冷冻运输。

无需多组学，染色体易位分析一网打尽

癌症中基因组重排事件不仅能改变染色体一维结构，也会改变相关基因区域的三维空间结构。肿瘤Hi-C，无需多组学，一套Hi-C数据，实现染色体间易位事件（Inter-Translocation）检测和所有染色体间互作信号的热图展示。

图1 染色体间易位分析

构象差异分析，肿瘤样本专属套餐

1）IDE模块—顺反式互作强弱多方位比较

染色质相互作用强度随距离衰减，IDE分析可从多角度解析肿瘤样本染色质顺势互作强度的变化。

图2 IDE模块结果展示

2）Delta_HiC 模块—差减分析，让差异可视化结果更清晰

癌症细胞系相对于正常样本来说，基因组重排事件的发生对染色体位点间的互作有着重要影响。Delta_HiC分析通过样本间的互作矩阵差减，解析肿瘤样本的特异性互作。

图3 样本间不同位点互作的差异构象

3）TAD 模块—挖掘肿瘤样本特异TAD结构

TAD边界滑动分析，不放过肿瘤样本中每一个新形成的TAD边界和消失的TAD边界。特定区域TAD可视化，想分析哪里就展示哪里。

图4 TAD分析结果展示

4）A/B Compartment 模块—肿瘤样本A/B组分差异可视化

多种形式展示A/B组分差异，发现肿瘤样本A/B组分变化情况，统计分析或图片展示，多种结果形式任意选择。

图5 A/B Compartment 模块结果展示

新品促销，价格优惠

即日起至2019年4月30日，签单肿瘤Hi-C产品，包含建库测序分析全套服务内容，统一8.5折！您要的性价比，只高不低～感兴趣的小伙伴们赶紧联系我们吧！

安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务供应商，自2015年初，首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务，随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平，同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来，安诺Hi-C技术不断发展，众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商，安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作，相关研究成果已发表在Nature、Genome Biology、Nature communications、Molecular Plant等国际高水平期刊，累计IF高达109.5，平均IF12.16。

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表观遗传学与前沿基因组学技术研讨会一轮通知

Nature杂志评选出2019年需关注的7大技术中包括时下火热的单细胞测序技术和三维基因组学成像技术。单细胞测序技术能解决因细胞异质性所带来的样本真实性问题，从单细胞层面挖掘更丰富的遗传信息，在生殖发育、肿瘤、神经科学、免疫学和微生物研究等领域具有广泛的应用前景；而三维基因组学重点关注空间构象与基因转录调控间的关系，为基因组的折叠和空间构象、转录调控机制、信号传导通路和基因组的运行机制等重要问题提供深入探讨和研究依据。

为聚焦医学和生物学领域的前沿研究动态，推动基础科研和转化研究，安诺优达生命科学研究院联合上海交通大学于2019年5月17日共同举办“表观遗传学与前沿基因组学技术研讨会”。本次会议以“单细胞和三维基因组学技术”为探讨对象，拟邀多位院士、专家、科研工作者等，通过专题分享、圆桌讨论等多种交流形式分享两大技术在相关研究领域的最新前沿动态、研究成果等。

一、会议基本信息

1) 会议时间：2019年5月17日

2) 会议主办方：安诺优达生命科学研究院、上海交通大学医学院

3) 会议协办方：安诺优达基因科技（北京）有限公司

4) 会议地点：上海交通大学医学院

5) 会议规模：200人

二、会议主题

1) 单细胞研究前沿技术进展

2) 单细胞水平的干细胞研究

3) 单细胞水平的生殖发育研究

4) 单细胞水平的肿瘤研究

5) 三维基因组学技术在肿瘤等医学研究领域的应用

6) 三维基因组结构与调控研究

7) 三维基因组学信息分析及应用

三、参会嘉宾

参会嘉宾.png

嘉宾持续更新中。。。。。敬请期待

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蒙面杀手，癌症背后谁在操控细胞功能？

世界上没有两片完全相同的树叶，也没有两个完全相同的癌症。基因测序研究表明，肺癌患者平均每人突变数目接近5000 个，且每个人突变的组合都不同，每个患者的基因组都是特异的。中国有60 万肺癌患者，其实更像60 万种不同的疾病。

在人人谈“癌”色变的时代，由于对其发病机理的科学认知有限，严重阻碍了肿瘤疾病的预判和诊治。然而自精准医疗提出后，基因测序和数据分析技术的进步为肿瘤致病机理的深入研究提供了新的思路。越来越多技术手段被应用到癌症研究中，多项研究揭示三维基因组结构在肿瘤细胞的基因表达和功能调控中的重要作用。关于癌症背后谁在操控细胞功能调控的疑问，基因组的三维结构研究让我们又有了新的发现。

基因组的三维结构与癌症

大量研究表明，癌症的发生发展与三维基因组结构异常有关，基因的缺失、易位、DNA拷贝的获得和丢失都会让染色体非常的混乱[1]。在我们已经了解基因组序列在癌症中是如何突变的信息后，研究热点开始逐步转向关注三维基因组如何参与癌症的发生和发展。

图1 非编码区域拷贝数异常导致致癌基因的过度表达

作为三维基因组学研究的利器，Hi-C测序技术近年来被广泛应用于肿瘤三维结构的研究，小编今天汇总了Hi-C技术在肿瘤三维基因组研究中的案例分享给大家，希望能为肿瘤研究的小伙伴们提供参考~

癌症中三维基因组的异常结构

1 | 多发性骨髓瘤^[2]

样本：骨髓瘤细胞系RPMI-8226和U266，正常B细胞GM12878

多组学关联：Hi-C、WGS、RNA-seq、ChIP-seq

主要结论：

癌症三维基因组需要校正拷贝数的影响。

癌症基因组上存在大量染色体之间的相互作用的热点，这些热点反映了两个位点发生了易位。

拷贝数变异发生的边界与TAD的边界趋向重合。

图2 拷贝数变异断裂位点与TAD边界容易重合

2 | 睾丸生殖细胞瘤^[3]

样本：睾丸生殖细胞瘤（TGCT）细胞系NTERA2

多组学关联：Hi-C、3C、GWAS、RNA-seq、ChIP-seq

主要结论：

通过GWAS与已发表SNPs数据确认19个新的TGCTs 风险SNPs，将与睾丸癌相关的基因变化标志（包括SNPs和候选因果基因）增至44个。

许多基因变异通过干扰细胞内基因活化制造睾丸癌发病风险，那些容易受影响的基因可能参与了染色体稳定，或是与KIT癌基因（KIT–MAPK信号通路）有交互作用。

图3 风险位点的Hi-C loop分析

3 | 结直肠癌^[4]

样本：结直肠癌（CRC）细胞系 LS174T、LoVo、Colo205

多组学关联： Capture Hi-C、RNA-seq

主要结论：

通过捕获Hi-C技术，对14个结直肠癌风险位点进行互作分析，鉴定这些风险位点与重要的远距离互作元件间的顺式和反式相互作用。

图4 捕获区域内的相互作用热图

4 | 乳腺癌^[5]

样本：乳腺癌细胞系MCF-7和乳腺上皮细胞系MCF-10A

多组学关联：Hi-C、RNA-seq

主要结论：

小染色体中（16-22号染色体）MCF-10A细胞系中有较强的基因相互作用。
MCF-10A、MCF-7染色体中部分A/B compartment结构发生传化，这些转化区域中的很多基因和癌症重要通路WNT相关。

鉴定TAD边界，发现乳腺癌细胞系特有的TAD边界。

图5 A/B compartment 差异分析

5 | 前列腺癌^[6]

样本：正常前列腺上皮细胞PrEC和2个前列腺癌细胞系PC3、LNCap

多组学关联：Hi-C、RNA-seq、ChIP-seq

主要结论：

前列腺癌细胞中，TADs 更小，数量增多。
包含TP53基因座的片段的缺失促进形成了新的TAD结构。

癌细胞特有的TAD边界富含CTCF和H3K4me3。

图6 健康细胞系和癌细胞系染色体互作热图

肿瘤Hi-C研究思路

为了方便大家参考，小编整理了一套肿瘤Hi-C研究思（tao）路~

1. 材料选择：疾病细胞/组织、正常细胞/组织

2. 测序策略：建议分辨率5-40kb，Illumina PE150测序

3. 多组学策略：RAN-seq、ChIP-seq、WGS、ATAC-seq

4. 研究思路：

图7 肿瘤Hi-C多组学研究策略

人类基因组的 DNA 序列中蕴藏着远超出我们所想象的信息，三维基因组技术极大地促进了对癌症和复杂疾病的研究，但我们对人类三维基因组结构的认识才刚刚起步，更多科学的宝藏正等待科研工作者们去挖掘。Hi-C研究一小步，精准医疗一大步~

安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务提供商，自2015年初，首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务，随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平，同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来，安诺Hi-C技术不断发展，众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商，安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作，相关研究成果已发表在Nature、Nature Communications、Genome Biology、Molecular Plant等国际高水平期刊，累计IF 109.5，平均IF 12.16。

参考文献

[1] Beroukhim R, Zhang X, Meyerson M, et al. Copy number alterations unmasked as enhancer hijackers[J]. Nature Genetics, 2016, 49 (1) :5

[2] Wu P, Li T, Li R, et al. 3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copynumber variations[J]. Nature Communications, 2017, 8 (1).

[3] K Litchfield, M Levy, G Orlando, et al. Identification of 19 new risk loci and potential regulatory mechanisms influencing susceptibility to testicular germcell tumor[J]. Nature Genetics, 2017, 49 (7) :1133-1140

[4] Mifsud B, Tavares-Cadete F, Young A N, et al. Mapping long-range promoter contacts in human cells with high-resolution capture Hi-C[J]. Nature Genetics, 2015, 47.

[5] Barutcu AR, Lajoie BR, Mccord RP, et al. Chromatin interaction analysis reveals changes in small chromosome and telomere clustering between epithelial and breast cancer cells[J]. Genome Biology, 2015, 16 (1) :1-14

[6] 6.Phillippa C. T, Joanna AK, Aaron T.L. L, et al. Three-dimensional disorganization of the cancer genome occurs coincident with long-range genetic and epigenetic alterations[J]. Genome Biology, 2015.26:719–731.

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