4月的北京天气晴朗，阳光明媚，在北京最好的季节安诺遇到了一群非常可爱的生信学员们。他们带着对科研的热情聚在了安诺总部，以下是小编来自现场的报道。

课程开始前，安诺优达首席信息官杜洋博士以幽默风趣的语言风格为学员们介绍了单细胞技术的发展历程及研究现状，也为大家分享了生物信息学的发展历程及未来的发展趋势，引来了全场学员的阵阵掌声。

虽然只有3天的课程，但专业的讲师团为学员们准备了丰富的单细胞生信大餐，从最开始的实验原理，到数据的过滤质控流程，到单细胞各个分析软件介绍， 尤其是近期非常火热的10X技术，精彩的课程内容让学员们收获多多~

当然，这么多干货，我们的学员们肯定是需要慢慢吸收的。在休息期间，小编经常能看到类似的情景，为大家的好学精神点赞，为我们讲师团的专业精神点赞~

此次没有来参加单细胞培训班的老师们也不要伤心哦，小编在此进行下期培训需求征集，只要征集满40个名额，下期单细胞培训班将会如约而至。我们会根据此次参与学员的反馈进行课程优化，准备更详实更经典的内容分享给大家。

征集方式

如果您想参加，只需在安诺基因此篇微信软文留言处回复姓名+单位+联系方式即可，小编会汇总需求尽快确定下期培训班的开班时间，我们下期见~

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目前，趋于稳定的单细胞ATAC-seq技术已帮助科研工作者们实现了单细胞层面的染色质可接近性探索，而基于10x Genomics平台的单细胞ATAC-seq解决方案因其通量高、成本低、易操作等特点，备受青睐。自从相关产品面世以来，安诺基因就开展了一系列的测试和研发，包括细胞系、组织来源细胞、原代细胞等样本，涵盖提核处理到数据分析全过程。今天小编就带大家来探一探实测数据，用稳定的结果说话。

数据分析内容

图1 安诺基因10x Genomics单细胞ATAC-seq分析内容展示

安诺基因10x Genomics单细胞ATAC-seq测序标准信息分析内容主要包括：

01  测序数据质量评估

02  测序序列的比对

03  染色质可接近性区域鉴定

04  细胞鉴定

05  细胞分群

06  转录因子差异分析

数据质控

图2 实测数据质控展示

在本批测试样本中，预期目标细胞数为8500个，经过细胞核计数及上样体系估算，最终获得了8658个有效细胞核的数据，且细胞及背景间能明确区分。每个细胞检测到的fragments中位数为30508，比对到目标区域（转录起始位点、DNase超敏感位点、增强子和启动子区域）的片段比率为82.5%（55%为合格），有效peaks片段占比为71.2%（25%为合格）。Q30方面，都达到了85%以上。

细胞聚类

图3 实测数据细胞聚类分析

利用peaks及对应的基因，分析获得细胞聚类结果，在测试数据中，基于染色质可接近程度，可将样本细胞分为13个亚群。

转录因子motif富集分析

图4 实测数据转录因子motif富集分析可视化展示

转录因子结合在特定的motif上，利用10x Genomics单细胞ATAC-seq数据，可对peaks中的motif进行富集分析，同时可使用10x Genomics官方的可视化软件Loupe Cell Browser查看。

安诺基因10x Genomics单细胞ATAC优势

经验丰富：拥有丰富单细胞项目经验，合作单位100+

服务专业：可提供上门细胞核抽提及上门分选服务

保证周期：拥有45台10x Genomics官方推荐测序仪NextSeq™ 550AR ，文库即建即测

作为国内单细胞测序技术整体解决方案的提供商，目前安诺基因单细胞多组学研究具有全面的产品，覆盖三大组学（基因组、转录组、表观组），拥有丰富的项目经验、合作单位100+、物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+，能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略，使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。

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近日，中科院植物所刘春明研究员带领课题组成员对水稻籽粒糊粉层厚度的调控机制进行了研究，并于《美国科学院院报》（PNAS）上发表了研究成果，为水稻及其它禾本科农作物营养品质育种提供了新的理论支持和育种思路，安诺基因为本项研究提供了全基因组甲基化测序（WGBS）的实验及分析服务，助力OsROS1调控水稻籽粒糊粉层厚度的机制揭示。

背景介绍

明治维新时期，日本军队爆发了一种曾在上层贵族中广为流传的“脚气病”。患者会出现肌肉瘫痪、心脏衰竭等症状。现代医学研究表明，该症状的出现，实际是由于长期食用精米，缺乏维生素B1所导致的。由此可发现长期食用精米无法满足人体对于营养元素的需求。

水稻籽粒的可食用部分多数是胚乳，由外部糊粉层和内部淀粉质胚乳组成。淀粉质胚乳在成熟时为死组织，主要积聚淀粉；糊粉层细胞为活组织，主要储存蛋白质、脂质、维生素和矿物质。保留糊粉层的糙米虽然口感欠佳，却具有更均衡的营养价值。增加糊粉层营养价值某种程度上也是提高水稻籽粒营养价值的策略之一。近日，中科院植物所刘春明研究员带领课题组成员对水稻籽粒糊粉层厚度的调控机制进行了研究，具体研究内容赶紧随小编来看起来~

研究成果

研究者利用正向遗传学方法，筛选到具有糊粉层加厚的突变体ta2-1。该突变株籽粒糊粉层与野生型ZH11相比，总蛋白量、脂质、铁、锌、钙、膳食纤维、抗氧化剂、酚类和多种维生素都有显著提升，而总淀粉和直链淀粉量略微下降。利用ta2-1和ZH11进行的遗传学分析显示，ta2-1性状的遗传具有配子体母体效应。

ta2-1的籽粒相较ZH11具有较厚的糊粉层（箭头指示的白色外周部分）

研究者进一步对ta2-1和籼稻（NJ6）后代进行基于图谱的克隆，以鉴定TA2基因。根据>7,000个F2个体的结果，TA2被定位于一段包含3个基因的46 kb基因组区域。序列分析显示，ta2-1在Os01g0218032的14号内含子处存在一处G-A突变，产生了一种分子量较大的转录本。这个基因编码的蛋白与拟南芥ROS1（一种去甲基化酶）具有高度的序列一致性，被命名为OsROS1。后续将克隆得到的OsROS1基因分别转入三个独立的株系ta2-1中，观察到ta表型完全补足，表明ta2-1表型是OsROS1基因突变的结果。此外，研究者还鉴定出其它23种OsROS1突变产生的ta2等位基因，其中5个表现出ta表型。

OsROS1的染色体定位以及其突变产生新转录本（mOsROS1）的机制

鉴于ROS1在拟南芥DNA去甲基化过程中起到的重要作用，研究者认为OsROS1在水稻中可能也有类似功能。基于对ZH11和ta2-1的胚和胚乳DNA进行全基因组甲基化测序（WGBS），研究者分析了基因体、转座元件（TE）及其侧翼区的DNA甲基化修饰情况。在ta2-1胚乳中，CG和CHG的甲基化水平有显著提高，但CHH甲基化水平变化不显著，表明OsROS1可能参与胚乳中CG和CHG的去甲基化。

ta2-1胚乳中CG和CHG位点的甲基化水平（红线）均高于ZH11（蓝线）

研究者对受到DNA甲基化水平变化的影响的基因进行了研究。他们对授粉后9天胚乳中糊粉层分化相关基因的甲基化和表达水平进行了分析，发现其中RISBZ1和RPBF两个基因的转录组起始位点附近存在200 bp以上的高甲基化区域，而其表达水平出现了显著降低，表明这些基因受到了表观遗传水平的直接调控。

RISBZ1和RPBF两个基因的转录水平及转录起始位点甲基化水平的变化

安诺表观研究

了解这篇文章整体思路后，您是否也有表观基因组方面的新想法呢？安诺基因多种表观产品可以助您更好更快速的实现科研目的。安诺基因可以提供WGBS、ChIP-seq、ATAC-seq、Hi-C、ncRNA在内的多项表观基因组测序服务，研究对象从全基因组到目标区域、从组织水平到单细胞水平、从DNA甲基化到染色质结构，可满足科研工作者的不同研究需要~

安诺基因已积累了大量的项目经验，合作发表的表观基因组学文章总影响因子大于100+，如果您有表观研究的需要，欢迎与当地销售经理联系，我们期待您是下一个顶级期刊Paper的作者。

参考文献

Liu J, Wu X, Yao X, et al. Mutations in the DNA demethylase OsROS1 result in a thickened aleurone and improved nutritional value in rice grains[J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 2018, 115(44): 11327-11332.

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2019表观遗传学与前沿基因组学技术研讨会

Epigenomics and Genomics Frontiers Symposium

2019年5月17日

中国·上海

Nature杂志评选出2019年需关注的7大技术中包括时下火热的单细胞测序技术和三维基因组学成像技术。单细胞测序技术能解决因细胞异质性所带来的样本真实性问题，从单细胞层面挖掘更丰富的遗传信息，在生殖发育、肿瘤、神经科学等领域具有广泛的应用前景；而三维基因组学重点关注空间构象与基因转录调控间的关系，为基因组的折叠和空间构象、转录调控机制、信号传导通路和基因组的运行机制等重要问题提供深入探讨和研究依据。

2019年5月17日，安诺优达生命科学研究院联合上海交通大学医学院共同举办“表观遗传学与前沿基因组学技术研讨会”，以“单细胞和三维基因组学技术”为探讨对象，专家学者齐聚一堂，共同分享两大技术在相关研究领域的最新前沿动态。

会议基本信息

名称：2019表观遗传学与前沿基因组学技术研讨会

地点：上海市黄浦区重庆南路227号上海交通大学医学院懿德楼2楼报告厅

时间：2019年5月17日

主办方：安诺优达生命科学研究院、上海交通大学医学院

协办方：安诺优达基因科技（北京）有限公司

会议主题

1) 单细胞研究前沿技术进展

2) 单细胞水平的干细胞研究

3) 单细胞水平的生殖发育研究

4) 单细胞水平的肿瘤研究

5) 三维基因组学技术在肿瘤等医学研究领域的应用

6) 三维基因组结构与调控研究

7) 三维基因组学信息分析及应用

具体会议日程下期发布，敬请关注~

会议报告嘉宾

特邀嘉宾

陆祖宏教授（"长江学者奖励计划" 特聘教授）

报告嘉宾

备注：以上报告嘉宾按姓氏首字母排序，排名不分先后

会议组委会

主       席：李兵、高玉池

秘  书  长：伍均

副秘书长：裴素蕊

组  委  会：宋娟、姜莹、戚顺民、张玥、张珣、张恩鲤、王真真

秘  书  处：彭梦媛、林萌莉、李桂英

会议注册

本次会议开通微信端注册入口，请关注安诺基因微信公众号，点击“参会注册”入口，填写相关信息即可，报名成功后会有邮件回执报名是否成功。

注册费用

会议信息咨询

邮箱：service@genome.cn

电话：010-56315326转6174

或咨询当地销售经理

5月的上海是美的，更是有内涵的。众多单细胞&Hi-C大咖齐聚上海，若您对会议感兴趣，那就赶紧报名吧，近距离聆听行业大咖的精彩学术报告，我们期待您的到来~

上海交通大学医学院

2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。医学院包含23个学院（系），13所附属医院。覆盖生物学、基础医学、临床医学、口腔医学等8个一级学科博士学位授权点、4个一级学科博士后流动站。作为国家级临床技能实验示范中心学科组长单位及国家级虚拟仿真实验教学中心，上海交通大学医学院具有临床模拟功能齐备、师资团队雄厚、医疗资源丰富、操作平台先进的基地优势，并通过器官系统整合式课程、临床技能操作、客观化临床考试等全面提升医学生临床技能和创新意识。

安诺优达生命科学研究院简介

2018年7月安诺优达生命科学研究院正式获批成立，研究院以利用生命科学技术推动科学研究及人类健康事业的发展为主线，以浙江安诺优达生物科技有限公司为依托，建设成国际一流以基因组学、转录组学、表观组学等多组学为核心的研究中心、一流的测序中心和大型数据处理超级计算中心、领先的三维基因组学研究中心和单细胞多组学研究中心，利用生命科学技术不断推动科学研究及人类健康事业的发展。