新年开工伊始，安诺优达收到了美国病理学家协会（College of American Pathologists，CAP）发布的2019年NGSST-B能力验证项目结果报告。在本次质评中,安诺优达提交的所有检测结果与预期结果完全一致，顺利通过此项目验证考评。

CAP多年来一直致力临床检测实验室步骤的标准化和改进，目前被国际公认为是实验室质量保证的领导者和权威性的实验室治理和认证组织。CAP认证也是行业内的“金标准”，NGSST是由CAP于2016年组织开展，用于评估全球基因诊断实验室利用NGS技术检测实体肿瘤组织基因变异能力的项目。本次测评，全球共有262家国际顶尖实验室参与，共收回205家实验室结果。安诺优达此次CAP室间质评的满分通过意味着安诺优达在肿瘤高通量基因检测等方面具有高水平和高专业性，也强有力的证明了安诺优达在样本管理、流程控制、质量监督等方面的综合实力。

检测结果

预期结果

继往开来，安诺优达将持续致力于生命科学研究和产业转化，自我超越，担当合作，用高质量、高效率来完成国家和社会的一次次监督和考核，确保为用户提供优质的产品和服务，肩负着 “用科技和创新提升生命品质”的使命，为精准医学不断贡献自己的力量！

自2019年5月起，安诺优达相继引入4台PacBio Sequel II测序平台，先后服务了数百个科研项目，并于今年10月参与发表了国内首篇Sequel II测序的文章。因其独特的技术特点，三代测序在基础研究和临床应用等领域展现了巨大优势，逐渐获得科研工作者们的青睐。为迎合不断上涨的市场需求，在2020年即将到来之际，安诺优达再次引入3台Sequel II平台，力求为广大科研用户提供更快速更优质的服务。

测序周期、品质享双重保障，欢迎各位老师们前来垂询~

除了新机器的到货和快速周期的发布，小编还要给大家分享一个最新的好消息。近日，中国食品药品鉴定研究院于发布了最新的“注册检验用体外诊断试剂国家标准品和参考品目录（第七期）”，本次新增了“长读长测序平台结构变异检测单体型国家参考品”，主要用于长读长及模拟长读长测序检测结构变异准确率、特异性、重复性等性能评价。安诺优达有幸参与了此次的政府合作项目，并位列协作单位之一。

自今年5月首批引进三代Sequel II测序平台以来，安诺优达已经具备了丰富的测序和数据分析经验，实验数据质量获得PacBio官方证书认证，项目分析成果发表于顶尖国际学术期刊，产品服务类型涵盖三代基因组组装、人重测序、动植物重测序、泛基因组、全长转录组等。未来，安诺优达将坚持以最优质的服务回馈用户，不忘初心，砥砺前行！

2019年11月14日，北京大学白凡研究员团队与广州医科大学附属广州市妇女儿童医疗中心儿科研究所张玉霞研究员，国家临床重点专科儿科消化团队（杨敏、耿岚岚及龚四堂主任医师）合作在国际顶尖期刊Cell上发表了题为“Mucosal profiling of pediatric-onset colitis and IBD reveals common pathogenic and therapeutic pathways”的论文。研究利用单细胞测序技术解析了对照组、结肠炎和PIBD各亚型间结肠黏膜免疫及非免疫细胞的异质性，深入挖掘了儿童结肠炎及炎症性肠病的致病机制，同时证实抗血小板药物双嘧达莫可激活cAMP通路，恢复免疫稳态并缓解结肠炎症状，具有良好的临床治疗效果，为儿童结肠炎及炎症性肠病的防治提供了新的见解。在此项研究中，安诺优达有幸参与了部分样本的单细胞测序（10x Genomics单细胞转录组测序+10x Genomics V(D)J测序）工作。

为阐述致病机制及研究药物靶点，研究团队对17名患儿（包括对照组、结肠炎和PIBD各亚型间）的结肠黏膜免疫细胞和非免疫细胞进行了单细胞转录组及TCR+BCR测序分析，得到65,367个免疫细胞和7,798个非免疫细胞的转录组数据，通过聚类分析获得9个细胞亚群，同时依据824例人群的GWAS数据发现了244个可能导致PIBD风险的基因。

图2 结肠微环境样本来源及单细胞图谱分析

研究进一步分析了肠上皮细胞、结肠黏膜成纤维细胞和血管内皮细胞、髓系细胞、免疫细胞等的亚群分布及关键基因。发现肠上皮细胞共分为10个亚群，分布着不同的PIBD风险基因。比如CD及UC风险相关的ERN1基因，在干细胞、祖细胞、肠内分泌细胞中高表达，DVL1通过β-连环蛋白及WNT通路活化影响上皮细胞的再生，主要在干细胞及分泌祖细胞中表达。

图3 上皮细胞异质性及关键基因分析

结肠黏膜成纤维细胞分为7个亚群，在UC样本中含有独有的炎症成纤维细胞亚群（表达IL1B、IL6）。此外，PIBD血管内皮细胞中，调控血管生成及白细胞溢出相关基因明显上调，表达PECAM1（CD31）的内皮细胞丰度也显著增加。

图4 成纤维与内皮细胞异质性及关键基因分析

CD68⁺髓系细胞进一步分为10个亚群，整体在PIBD样本中丰度更高。其中，高表达IL1B及TNF-α的巨噬细胞，几乎只存在于PIBD中。在TNF⁺巨噬细胞中，PDE4B（降解胞内cAMP）的表达上调，胞内cAMP水平降低。研究团队通过体外实验证实临床应用PDE抑制剂双嘧达莫可提高胞内cAMP水平，显著抑制TNF-α，IL-1β和IL-6的表达。

图5  髓系细胞异质性及关键基因分析

对免疫细胞相关数据进行分析，发现PIBD各亚型中，CD39在CD8⁺和Vδ1⁺ T细胞的表达显著降低。研究进一步证实PDE抑制剂可恢复CD39在T细胞中的表达，在用双嘧达莫处理三天后，CD8⁺ T细胞中CD39的表达明显上调。

图6  免疫细胞异质性及关键基因分析

对结肠黏膜细胞进行深入分析描绘后，研究团队对急性肠炎小鼠模型进行了双嘧达莫治疗，发现用药可显著提高小鼠的体重、结肠长度，提升上皮结构完整性，抑制血小板聚集和TNF-α的表达。对9例患者（8例结肠炎和1例IBDU）开展双嘧达莫的小样本临床试验，发现患者各项临床指标均有明显改善。用药后，cAMP浓度升高，CD39的表达上调，血小板聚集减少，临床症状得到缓解。

图7 双嘧达莫可缓解结肠炎的临床症状

 安诺单细胞测序技术总览

作为国内单细胞测序技术整体解决方案的提供商，目前安诺基因单细胞多组学研究具有全面的产品，覆盖三大组学（基因组、转录组、表观组），拥有丰富的项目经验、合作单位100+、物种经验50+、多篇高分文章IF累计100+，能够有针对性并准确服务于不同的研究领域及研究策略，使得科研工作者可以更深入地了解细胞间的异质性。

参考文献

Huang, B., Chen, Z., Geng, L., et al. Mucosal profiling of pediatric-onset colitis and IBD reveals common pathogenic and therapeutic pathways[J]. Cell, 179(5):1160–1176.

2019年6月27日，武汉大学肖锐课题组与美国加州大学圣地亚哥分校（UCSD）付向东教授课题组在Cell以长文形式在线发表题为“Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-Based Regulation of Transcription”的最新研究成果。其中，安诺基因承担了该研究中的Hi-C测序部分，助力RNA结合蛋白功能基因组学研究登上顶级期刊。

文章概览

基因调控过程中，大部分RNA是以RNA-蛋白复合物（RBPs）的模式在转录后的剪接加工、修饰转运和降解等RNA代谢过程中发挥重要的调控功能，但其在转录水平的调控功能和机制尚未有系统的研究。

HepG2细胞、K562细胞

研究结果

01 RBPs通常定位于活跃的染色质区域

为研究RBPs在染色质水平上的潜在功能，研究者通过大规模的RBPs ChIP-seq测序，发现大约60%的RBPs与染色质有特异性相互作用，并富集在开放的染色质区域，这些位点集中在基因启动子和增强子区域，且整体上RBPs与染色质的相互作用与活性组蛋白修饰呈正相关（如H3K27ac），而与抑制性组蛋白修饰呈负相关（如H3K9me3）。

图1 染色质相关RBPs的一般特征[1]（上、下）

02 RBPs对基因启动子普遍偏好

所有与染色质相互作用的RBPs显示出对基因启动子的普遍偏好，整体上RBPs富集在bivalent（二价的）和仅H3K4me3标记的启动子，同时也富集于含有CpG岛的启动子区域。除此之外，四个RBPs（即RBM22，PRPF4，HNRNPUL1和SNRNP70）显示出small RNA基因启动子的特异性富集。在转录起始位点附近的高分辨率RBPs ChIP-seq信号显示，RBPs多结合转录起始位点下游区域，表明多数RBPs可能以RNA依赖性方式与染色质相互作用。

图2 不同启动子的RBPs-染色质相互作用模式[1]（上、下）

03 多种RBPs可直接参与转录调控

在HepG2中通过比较每个RBPs敲低前后稳定状态下基因表达的变化，可以得出RBPs调节大量的基因表达；同时GRO-seq结果显示，大多数RBPs调控靶基因转录活性，其中六个RBPs显示出显著的调控作用，这些数据足以表明RBPs在染色质水平直接参与了转录控制。

图3 RBPs-启动子相互作用和基因表达之间的相关性[1]（上、下）

04 RBM25调节YY1介导的远距离基因组相互作用

YY1是增强子-启动子特异性相互作用的粘合因子，这种基因组相互作用不同于CTCF介导的基因间区域的相互作用。作者在发现RBM25与YY1形成功能复合物以外，进一步利用BL-Hi-C技术探索RBM25对基因组中启动子锚定的相互作用及远距离调控作用，发现RBM25敲低促使YY1与染色质相互作用减弱，并特异性地调控YY1介导的增强子-启动子相互作用，从而调控基因表达。

图4 人类基因组中RBM25依赖性YY1结合[1]（上、下）

文章结论

尽管多个RBPs与转录控制有关，但目前尚不清楚RBPs如何直接作用于染色质，本文章通过ChIP-seq及三维基因组学技术BL-Hi-C发现RBPs与染色质相互作用的特征，并进一步通过分析揭示了TF和RBPs在染色质上广泛的共定位，例如YY1和RBM25。总的来说，该研究认为TF、RBPs、RNA和靶DNA片段之间的功能性相互作用可以协调形成特定区域，得以在细胞核中建立基因激活或抑制机制，这可能是特定基因网络和核子域的形成的基础，也将为后续RBPs与染色质相互作用的深入挖掘提供思路。

安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务提供商，自2015年初，首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务，随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1 kb水平，同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来，安诺Hi-C技术不断发展，众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商，安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作，相关研究成果已发表在Nature、Cell、Genome Biology、Nature communications等国际高水平期刊，累计IF 157.59，平均IF 14.32。

[1] Rui Xiao, Jia-Yu Chen, Zhengyu Liang, et al. Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-Based Regulation of Transcription [J].Cell. 2019.