用科技和创新提升生命品质
安诺基因
公司建立了包含PromethION、PacBio Sequel、NovaSeq 6000、HiSeq X等
新一代测序仪的高通量测序平台，并与Illumina联合开发了
新一代桌面测序仪NextSeq 550AR，可以对DNA、RNA等不
同分子类型的样本进行测序分析，具备检测大批量样本的能力。
新闻中心
2019美国癌症预测报告初解析，安诺新品为降低癌症死亡率再加码
为助力癌症研究，安诺优达全新推出癌症基因panel AnnoCP（Annoroad Cancer Panel）！
新年伊始，癌症领域的标杆性读物-2019年美国癌症预测报告终于和大家见面了，接下来小编就带大家了解报告中的重要数据和亮点。报告中指出25年间美国癌症死亡率与预期相比持续下降，总体下降27%，相当于死亡人数减少262万。特别是肺癌、乳腺癌、前列腺癌与结直肠癌四种常见高致死性肿瘤下降尤为明显，这与普及早筛及免疫治疗等有效的癌症预防与治疗措施息息相关。相比之下，2018年中国乳腺癌死亡人数为4.8万，占全球乳腺癌总死亡数的9.2%，远高于美国，重要原因之一是我国适龄妇女乳腺癌的筛查率不足1%，而美国筛查率超过80%，从而极大影响了早期病变的发现和诊断，由此可见中国在癌症的防治之路上仍然是任重而道远。
图1 癌症发病与死亡趋势[1]
众所周知，基因变异是导致各种癌症发生的元凶，而近年来癌症的靶向治疗及免疫治疗等新型治疗手段，相比于化疗针对性强、风险性低、收益高，被越来越多人所熟知，而这些新型治疗手段研究的关键就是通过基因检测技术找到基因突变的靶点，并筛选出对治疗有针对性的优势人群。
利用基因检测技术进行癌症筛查与研究的方式有多种，其中以基因panel检测为基础的诊断产品的出现，对整个精准医疗行业来说是一个里程碑式的跨越，标志着精准、全面的基因检测将作为基础诊断，对癌症的个体化治疗产生深远的影响。为助力癌症研究，安诺优达全新推出癌症基因panel AnnoCP（Annoroad Cancer Panel）。
2019安诺重磅推出两款 “癌症基因panel”—AnnoCP
精准医疗所对应的基因检测范围一般都是至少针对几百个基因的panel，并且未来的检测范围将扩大到越来越多的癌症相关基因，增加覆盖的致癌基因与靶点基因，也是当下多药物联合治疗和免疫治疗的需求。
安诺优达为助力于癌症的科学研究、临床诊断与治疗，推出两款癌症基因目标区域测序产品——AnnoCP (Annoroad Cancer Panel)，分别是AnnoCP 230（包含230个基因）和AnnoCP 2M（包含800多个基因）。
★AnnoCP 230 & AnnoCP 2M特色
1）两款中国市场上少有的癌症基因大panel：其中AnnoCP 230包含230个相关基因热点突变区域，共计32.8万个位点；AnnoCP 2M包含800多个基因，共计200万个位点。
2）检测突变类型丰富：包括基因编码区单核苷酸位点变异（SNV）、小片段插入/缺失（INDEL）、融合基因（Fusion）、拷贝数变异（CNV）等多种突变类型。
3）适用癌症种类多：可用于肺癌、结直肠癌、乳腺癌、肝癌、黑色素瘤等多种泛癌种。
4）检测基因类型全面：主要针对ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KRAS、NRAS、MET、KIT、TP53等近千个泛癌相关基因，可一次性检测原癌抑癌基因、靶向用药基因、调节信号通路基因、与癌症发生发展高度相关的基因，全面筛选能让患者从中受益的靶向基因。
5）样本类型丰富：既可以针对血液样本，也可以针对实体瘤样本。
★Panel 230 & 2M Panel优势
1）与全外显子测序相比，肿瘤基因Panel检测适合通过高深度检测罕见突变位点，最高可达20000x测序深度，可灵敏检测突变丰度（低至0.2%），更为经济且具有有效性，在ctDNA液态活检方面也表现优秀。
2）癌症研究关注的基因通常比较固定的，而我们特定panel的优势之一是可减少定制时间，缩短实验周期。
3）与其他大Panel相比，AnnoCP 230和AnnoCP 2M除检测靶点基因外，还可检测MSI水平（微卫星不稳定），评估肿瘤突变负荷（TMB），MSI 与 TMB 是典型的免疫治疗生物标记物，有助于指导肿瘤患者免疫治疗。最多可筛选252种靶药药物和免疫治疗药物，给患者更多用药选择。
★Panel 230 & 2M Panel适用研究
关注一些特定基因的癌症研究，需求样本量较大、测序深度较高的低频突变的筛选。分析与靶向治疗、免疫治疗和遗传风险相关的基因变异，指导临床个体化用药研究。
以上是AnnoCP的几大特色与优势，想了解更多安诺癌症基因panel产品，欢迎与当地销售经理联系~
科普小讲堂
癌症基因panel的设计原理就是将若干基因对应的探针设计到同一张捕获芯片上，以捕获目标DNA并用于后续的高通量测序，检测目的基因的单核苷酸位点变异。首款基于癌症基因panel的体外伴随诊断产品是Foundation Medicine公司旗下产品FoundationOne CDx（F1CDx），该产品于2017年底通过FDA审批，包含了315个基因的所有变异形式的检测，用于五种实体瘤的泛癌症临床伴随诊断。同时，FDA又批准了纪念斯凯隆特琳癌症研究中心（MSK）的癌症基因检测分析平台MSK-IMPACT，用于癌症患者468个基因检测。2018年3月，大panel癌症基因检测已纳入全美医保，癌症基因panel诊断逐渐普及，治疗方式也就此发生了变革。
参考文献：
[1] Rebecca L. Siegel, MPH, Kimberly D. Miller, et al. Cancer Statistics, 2019. CA Cancer J Clin. 2019, 0:1-28.
[2] Cronin KA, Lake AJ, Scott S, et al. Annual Report to the Nation on the Status of Cancer, part I: national cancer statistics. Cancer. 2018, 124:2785-2800.
更多 >>
仅需10万个细胞！安诺基因强势推出低起始量Hi-C建库
长期以来，“高昂”的Hi-C建库起始量限制了众多科研小伙伴对未知领域的探索，通常近千万个级别的细胞才能满足一个Hi-C文库的构建，极大限制了诸如生殖、肿瘤等研究领域中微量样本的染色质构象解析。降低Hi-C建库起始量，一直是三维基因组学研究者攻关的难题。
今天，小编已经按捺不住激动的心情，终于要公布我们的阶段性成果啦~ Duang！我们已成功将细胞类型样本的Hi-C建库起始量由原来的500万个细胞降低至10万个细胞，率先实现了低起始量Hi-C建库的产业化服务，在解决微量细胞建库的道路上我们马不停蹄~ 快来看看我们这波操作6不6吧~
样本要求
样本类型：细胞（人、鼠或其他物种）
建库起始量：10万个交联细胞样本/文库（约3ugDNA）
测序平台：Illumina HiSeq X Ten，PE150
实测小数据结果
我们对10余例人和小鼠的细胞样本进行了多轮测试，评估结果显示，最终可用于分析的Valid Rate（%）均在60%以上，最高可达83%，有效数据比例杠杠滴~
（1）部分人细胞样本结果展示
（2）部分小鼠细胞样本结果展示
实测大数据结果
我们随机测试了2个人细胞样本的大数据，对大数据上机后的有效比对率和有效数据率分别进行统计，均满足分析需求，结果如下：
（1）有效比对率统计
（2）有效数据率统计
交互热图结果展示
对小数据结果进行交互热图分析，如下图所示，展示了genome-wide Hi-C交互热图。
Tips：10万个细胞建库仅仅是我们的起点，安诺研发团队一直致力于解决珍稀样本的建库问题，让我们相约下一个突破性进展吧~
关于我们
安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务供应商，自2015年初，首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务，随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平，同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来，安诺Hi-C技术不断发展，众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商，安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作，相关研究成果已发表在Nature、Molecular Plant、Nature communications、Genome Biology等国际高水平期刊，累计IF 97.19，平均IF 12.15。
点击下方链接获取更多信息
惊！Nature子刊发现病毒侵染竟能改变宿主染色体三维结构！
更多 >>
盘点l 2018年Hi-C技术八大突破性进展
2018 Hi-C技术突破性进展信息一览
★
医学研究领域
2018.04 首次为增强子在多种癌症中的作用提供了系统的观点
2018.05 首次整合Hi-C、eQTL、表观基因组注释数据探究骨质疏松症的发生
2018.08 首次成功破译人类二倍体单细胞基因组的3D结构
★
动物研究领域
2018.07 首次揭秘斑马鱼三维基因组特征
2018.07 首个北京鸭基因组三维结构解析（安诺合作）
★
植物研究领域
2018.04 进一步深入解析水稻染色质的精细结构特点（安诺合作）
2018.11 首次获取穿心莲染色体水平的参考基因组（安诺合作）
★
微生物研究领域
2018.10 首个病毒与宿主Hi-C互作研究
医学研究领域
A pan-cancer analysis of enhancer expression in nearly 9,000 patient samples[1]
发表期刊: Cell （IF=31.398）
利用TCGA数据库RNA-seq数据找到33种类型癌症8,928个病人样本全基因组范围内大量活性增强子的特点，发现肿瘤组织有着更广泛增强子活性。整合CNV和mutation数据，发现肿瘤组织增强子的激活与肿瘤非倍性呈正相关，而与点突变无关或轻微负相关。这是因为非整倍性导致染色质开放，从而导致增强子激活（ATAC-seq）。整合eQTL和Hi-C数据，检测增强子与基因之间的相互作用，揭示了临床上起作用的基因，进一步鉴定出了在PD-L1下游140kb的增强子。该研究对于增强子在多种癌症中的作用提供了系统的观点并解释了增强子潜在的临床意义。
An osteoporosis risk snp at 1p36.12 acts as an allele-specific enhancer to modulate LINC00339 expression via long-range loop formation[2]
发表期刊：American Journal of Human Genetics（IF=8.855）
文章通过整合Hi-C、eQTL、表观基因组注释数据，结合双荧光素酶及CRISPR/Cas9等多种功能验证实验，最终证实了1p36.12区的rs6426749-SNP位点通过CTCF介导染色质成环远距离调控位于~360kb以外的长链非编码RNA（LINC00339）的表达。LINC00339负调控CDC42减少其转录本数量，进而影响成骨细胞增殖分化，导致骨质疏松症的发生。
Three-dimensional genome structures of single diploid human cells[3]
发表期刊：Science (IF=41.058)
二倍体细胞的3D结构一直没完成破译，主要的原因在于来自于母本的23条染色体与来自父本的23条染色体几乎无法区分。谢晓亮教授哈佛大学团队用Dip-C的方法首次获得了单个二倍体人类细胞基因组的3D结构，并且发现了不同细胞类型存在的系统差异。这是针对细胞核的一种结构生物学新方法，将在生物医学很多领域有重要的应用。
动物研究领域
Systemic loss and gain of chromatin architecture throughout zebrafish development[4]
发表期刊：Cell Reports（IF=8.032）
首次描绘出斑马鱼胚胎发育过程中的Hi-C图谱。斑马鱼基因组和哺乳动物基因组有相似TAD和A/B compartments结构特征。TAD结构在2.25 hpf 即合子形成之前就已经建立，此时转录还未发生。在4 hpf时期TAD强度发生显著减弱，而后又再次建立起来。并且在compartment和TAD消失阶段，超级增强子的互作依然存在，这说明超级增强子互作形成不依赖TAD和A/B compartments结构。
An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks[5]（安诺合作文章）
发表期刊：Nature Communications（IF=12.353）
本研究解析了北京鸭羽色和体型两个关键性状的调控机制，研究发现，由于一个6.6 kb的大片段序列插入到MITF基因中，导致其负责黑色素合成的转录本被完全抑制表达，黑色素合成途径被关闭，从而形成了北京鸭洁白的羽毛。同时，由于远程增强子的一个自然突变，致使在胚胎期发挥促进生长作用的IGF2BP1基因在北京鸭出壳后仍持续表达，提高了对饲料利用效率从而体格变大。为了避免基因组组装错误导致的远距离调控分析有误，作者通过Hi-C数据对chr28末端区域进行了互作热图验证，发现组装效果良好，没有明显大规模的片段倒置。
植物研究领域
Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive hierarchical chromatin interactions in rice[6]（安诺合作文章）
发表期刊：Plant Journal（IF=5.775）
文章对水稻染色体的三维结构进行了全面解析，证实了水稻中compartment A/B和local domains的特征，并进一步深入解析了水稻染色质的精细结构特点，包括 chromatin loops、 self-looped 基因、IHI/KEEs 和 FIREs 分析等。文章结果为进一步探索水稻和其他谷类作物的分子机制提供强有力的数据信息和理论参考。
The medicinal plant Andrographis paniculata genome provides insight into biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide[7]（安诺合作文章）
发表期刊：Plant Journal（IF=5.775）
该研究结合三代及Hi-C辅助组装技术组装获得了穿心莲269M高质量染色体水平的参考基因组，安诺基因参与其中Hi-C辅助组装工作，contigs挂载率达95%以上。该研究通过对穿心莲基因组的组装，揭示了生物活性物质二萜内酯类新穿心莲内酯的合成机制。
微生物研究领域
Tridimensional infiltration of DNA viruses into the host genome shows preferential contact with active chromatin[8]
发表期刊：Nature Communications（IF=12.353）
首次利用Hi-C技术对侵染HBV和Ad5后人肝癌细胞染色体三维结构的变化进行了研究。HBV侵染不能改变宿主染色体三维结构，Ad5侵染能够改变宿主染色体三维结构。HBV倾向于与富含细胞因子Cfp1的CpG岛区域结合；Ad5则更倾向与TSSs位点及enhancers区域发生相互作用。病毒靶定到特定的区域的这些特性其实是有利于自身的复制和转录。
以上不难看出Hi-C技术在医学、动物、植物、微生物等研究领域中有着广泛的应用，这些研究通常以Hi-C为主导进行基因组三维空间结构研究，结合ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq等多组学数据进行联合分析，多种组学相互验证互相补充，由此形成完整的证据链，从而实现基因表达调控机制的深入解析。掌握这一完美“套路”，高分文章还会远吗？
2019年已经来临，小编私以为，我们终将砥砺前行。科研路漫漫，愿大家心中有光，脚下有路，安诺基因始终陪伴您左右！
关于我们
安诺基因作为业内三维基因组测序技术的引领者，自2015年初，首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务，随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平，同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来，安诺Hi-C技术不断发展，众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商，安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作，相关研究成果已发表在Nature、Molecular Plant、Nature communications、Genome Biology等国际高水平期刊，累计IF 97.19，平均IF 12.15。
参考文献
[1]Chen H, Li C, Peng X, et al. A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9,000 Patient Samples[J]. Cell, 2018, 173(2):386-399.
[2]Feng C X, Li Z D, Man Y, et al. An Osteoporosis Risk SNP at 1p36.12 Acts as an Allele-Specific Enhancer to Modulate LINC00339 Expression via Long-Range Loop Formation[J]. American Journal of Human Genetics, 2018, 102:1-18.
[3]Tan L, Xing D, Chang C, et al. Three-dimensional genome structures of single diploid human cells. Science, 2018, 361:924-8.
[4]Kaaij L J T, Van d W R H, Ketting René F, et al. Systemic loss and gain of chromatin architecture throughout zebrafish development[J]. Cell Reports, 2018, 24(1):1-10.
[5]Zhou Z K, Li M, Cheng H, et al. An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage colorin ducks[J]. Nature Communications, 2018, 9:2648.
[6]Dong Q L, Li N, Yuan Z, et al. Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive hierarchical chromatin interactions in rice[J]. The Plant Journal, 2018, DOI:10.1111/tpj.13925.
[7]Sun W, Leng L, Yin Q G, et al. The medicinal plant Andrographis paniculata genome provides insight into biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide[J]. The Plant Journal, 2018, DOI:10.1111/tpj.14162.
[8]Moreau P, Cournac A, Palumbo GA, et al. Tridimensional infiltration of DNA viruses into the host genome shows preferential contact with active chromatin[J].Nature Communications, 2018, 9:4268.
点击下方链接获取更多信息
更多 >>
年终盘点，你不可不知的Hi-C大事件
2018年，三维基因组学研究进入快车道，在实验方法、大数据分析、信息共享等众多领域均有重大进展，作为三维基因组学研究领域的重要一分子，安诺Hi-C不忘初心，奋勇前行，全力迈向新高度。现在就跟着小编一起，细数2018年安诺Hi-C在三维基因组学时代留下的脚印吧~
4月
4月，在2018昆虫基因组与绿色防控大会上，中国农业科学院深圳农业基因研究组所联合浙江大学、西南大学等单位共同推出“TOP1000昆虫基因组计划”。安诺基因作为千种昆虫基因组计划的合作方，将协助完成基因组测序及组装等工作。
5月
5月，国内首篇商业合作的植物染色体三维互作文章发表，安诺基因联合东北师范大学合作研究的《Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive hierarchical chromatin interactions in rice》见刊Plant Journal（IF：5.775），全面解析了水稻染色质的三维结构[1]。
5月
5月，安诺优达联合福建农林大学基因组中心共同举办前沿农业基因组学术分享讨论会，安诺Hi-C技术亮相会场。
6月
6月，安诺基因生物信息在线交流火爆开讲，Hi-C资深高级信息分析工程师亲自上阵，针对分析软件的使用方法、分析数据量等重点问题进行了详细解读。
7月
7月，安诺Hi-C助力西北农林动物科技学院及中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，在北京鸭重要经济性状遗传机制解析上取得关键进展，研究成果见刊自然子刊Nature Communications，该研究被列为期刊当期的亮点推荐论文[2]。
8月
8月，安诺基因年中促销火力全开，Hi-C产品倾情放价，约“惠”七夕，科研生活不寂寞~
9月
9月，安诺基因首届三维基因组学信息分析培训班如期举办，来自全国各地的近50位老师相约安诺，与三维基因组分析团队的20位讲师共同开启染色质构象分析的生信大讲堂。
10月
10月，第五届国际三维基因组学研讨会在湖北省武汉市华中农业大学隆重召开，安诺基因作为大会协办单位和指定赞助商，连续3年协助该国际会议的举办，我们真诚希望能与国内外学者一起促进三维基因组学领域的合作与交流，推动三维基因组学技术在国内的发展和进步。
10月
9月的Hi-C生物信息分析培训班，因报名火爆场地有限，很多小伙伴没有参加，应各位老师的强烈需求，10月，Hi-C生物信息分析培训班再次开班，30天连开2次的培训班，小编也是没想到这般火爆呢，在此小编再次感谢大家的热情参与，来年我们还约哦~
10月
10月，由南方科技大学主办，湖北大学、广东省生物信息学会和安诺优达协办的第三届国际表观遗传学机制与人类健康大会（ISEMHH）在广东深圳隆重召开。安诺基因Hi-C测序技术亮相此次大会，与业界大咖一起共议三维基因组学的当下与未来。
11月
11月，安诺Hi-C助力中国中医科学院中药研究所陈士林研究员课题组组装获得了穿心莲269M高质量染色体水平的参考基因组，研究成果见刊Plant Journal（IF=5.775）[3]。
11月
安诺Hi-C在建库流程和数据分析上进行了全面升级，升级后的标准分析将涵盖6大领域，针对染色质结构特征进行全方位、多角度的可视化展示；升级后的高级分析实现30+分析条目，继续扩大Hi-C与其他组学分析的深度联合。
12月
Hi-C建库起始量低至10万个细胞，降低建库起始量我们是认真的
12月，经安诺基因研发团队的全力优化，成功将细胞类型Hi-C样本的建库起始量由原来的500万个细胞降至10万个细胞。不过小编负责任的宣布，10万个细胞建库远不是安诺的终极目标，小编在此预告，来年还会有更大的惊喜哦~
安诺Hi-C文库数量破3000，前行的路上我们不松懈
截至2018年底，安诺Hi-C文库数量已突破3000个，样本类型全面涵盖人、动物、植物、微生物，正所谓聚沙成塔、积水成渊，一年虽末，但在前行的路上，安诺Hi-C从无终点。
写在最后
年年岁岁，岁岁年年，在2018即将落幕之际，安诺Hi-C团队衷心感谢一年来合作和支持我们的所有伙伴们，2019，愿我们一起不负努力不负己~
关于安诺Hi-C
2015年初，安诺基因在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务，随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平，同年12月在国内推出植物Hi-C测序服务。四年来，安诺Hi-C技术不断发展，众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商，安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作，相关研究成果已发表在Nature、Genome Biology、Molecular Plant、Nature Communications等国际高水平期刊，累计IF 97.19，平均IF 12.12。安诺Hi-C，期待与您一起换个视角做测序，共同探索染色质三维结构之美。
参考文献：
[1]Dong Q L, Li N, Yuan Z, et al. Genome-wide Hi-C analysis reveals extensive hierarchical chromatin interactions in rice[J]. Plant Journal, 2018. doi: 10.1111/tpj.13925
[2]Zhengkui Zhou, Ming Li, Hong Cheng, et al. An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks[J]. Nature Communications. 2018, 9: 2648
[3]Wei Sun，Liang Leng，Qinggang Yin，et al. The medicinal plant Andrographis paniculata genome provides insight into biosynthesis of the bioactive diterpenoid neoandrographolide[J]. Plant Journal, DOI:10.1111/tpj.14162.
更多 >>
