10x Genomics单细胞蛋白质组测序

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在10X单细胞转录组的基础上,利用10X Feature Barcoding技术和Biolegend设计的带有特异核酸序列的免疫组抗体(TotalSeq产品),可以同时获得大量单个细胞中基因的表达量和细胞表面蛋白的表达情况。在已知细胞表面标志性蛋白时,采用上述技术加入相应抗体,能帮助我们更准确的对细胞进行功能研究。


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图1 Feature Barcoding技术结合TotalSeq抗体捕获细胞表面蛋白原理图


上图左边为BioLegend公司推出的TotalSeq系列抗体,每个抗体链接着一段设计好的核酸序列,序列上有每种抗体独有的15bp的barcode序列,通过抗原抗体特异性结合,带有核酸序列的抗体会和细胞表面特定蛋白结合。之后通过右图所示10X Genomics Feature Barcode技术,可以捕获到抗体所带核酸序列,并通过UMI的数量,间接得到特定细胞表面蛋白的表达量。实现了一套样品进行实验处理和信息分析,可同时得到基因表达信息和表面蛋白表达信息。

    应用领域
  • 肿瘤异质性
  • 免疫细胞群体
  • 胚胎发育等
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样品要求
样本类型新鲜细胞悬浮液、细胞冻存液
样本总量总量>1.5*106(一般1X106个细胞对应抗体-核酸使用量为1μg,
另0.5*106个细胞用于细胞计数和活性检测)
样本浓度请与现场实验人员协商调节浓度的方案
样本质量

样本中活性大于85%,无大于40μm的细胞碎片、组织碎片、纤维灰尘等各类杂质,总杂质含量经估算应<5%

细胞呈单分散状态,细胞结团率<5%

细胞悬浮液中不含逆转录抑制剂成分,不含游离核酸
   
  • Q:10X Genomics单细胞表面蛋白研究策略?
    A:
    目前我司提供两种研究策略
    1. 10 X Genomics 3’单细胞转录组+表面蛋白文库
    2. 10 X Genomics 5’单细胞转录组+TCR/BCR+表面蛋白文库,每个转录组文库推荐测60-100k reads,每个TCR/BCR/表面蛋白文库推荐测6-10k reads/cell。