华大时空组学技术Stereo-seq以其高达500 nm的分辨率实现了亚细胞级别的精度，使其在众多空间转录组技术中脱颖而出，并频频登顶高分期刊。安诺优达作为STOmics国内首家生态合作伙伴，再次率先引进STOmics最新一代产品——时空转录组FFPE。下面我们一起来了解时空转录组FFPE的优异性能吧。
01 拓展应用范围
石蜡包埋（FFPE）样本因能良好维持组织形态且可长久保存，成为临床病理学的首选样本。相比新鲜冰冻样本，FFPE在处理高含水、易自溶及需脱钙处理的组织（如眼球、肝脏、胰腺、皮肤、骨骼和软骨）时，展现出更高的稳定性。
时空转录组FFPE产品利用“随机探针”技术，可以有效捕获FFPE样本中Total RNA分子，以及发生降解的RNA片段也能进行有效捕获，并可实现全物种全转录组空间表达谱的构建。
02 实现同张切片H&E染色
时空转录组FFPE产品方案可根据研究需求选择在同一张组织切片上进行H&E染色或ssDNA染色，结合强大的分析工具，以单细胞级分辨率灵活开展多模态数据分析，将病理与分子生物学紧密结合，助力深入探索生物样本。
03 编码及非编码RNA共捕获
非编码RNA在调控生命过程中具有重要作用，但它们并不都具备poly(A)尾。因此，依赖poly(dT)的时空转录组技术存在一定的局限性。新一代的时空转录组FFPE可同时实现编码及非编码RNA的共捕获，为深入解析肿瘤免疫微环境提供了强大工具。
04 宿主和微生物共检测
肿瘤微生物与宿主细胞之间的相互作用，以及它们在肿瘤免疫微环境中的角色，已经成为当前科学研究的前沿领域。时空转录组FFPE能够同时分析宿主和微生物的空间信息，为这一领域的研究提供了新的可能性。
时空转录组FFPE技术已经在多个物种和不同的组织类型上进行了广泛的测试和优化，展现出稳定的数据质量。目前，安诺优达已经完成对该技术的内部测试，包括实验流程的优化和数据分析的贯通，成为首家完成时空转录组FFPE实测的服务商。
接下来我们通过人类某实体瘤FFPE样本实测数据，进一步了解时空转录组FFPE新产品的性能。
Stereo-seq技术利用直径仅为220 nm的DNB纳米球捕获mRNA，且两个DNB中心点间距也仅为500 nm，为更有效地进行后续分析，通常需要将它们合并成更大的单元——Bin。SAW软件即以bin200（100 μm*100 μm）为单位展示数据质量。
在Summary网页界面展示了空间基因表达分布的信息，老师们可以拖动鼠标快速可视化bin200下组织的基因表达情况。该切片组织共测了977 M数据量，测序饱和度为71%。如果老师想要测得更多的数据以便更深入分析，根据测序饱和度曲线来看，该数据还有进一步的加测空间。
在bin200分辨率下，该切片组织内共鉴定出16247个转录本，每个bin200平均捕获到4944个基因。尽管华大官方推荐3000 M reads，但该组织样本仅测了不到1000 M reads的情况下， MID（可理解为UMI）和median gene数都非常不错，完全符合预期。
SAW软件以影像图形式展示芯片上组织的覆盖和识别情况。同时，还会基于组织区域的分析结果，展示其数据质量信息。
Square Bin 界面展示了不同bin size下的 mean reads和mean gene等数据信息。bin size越小，划分的细胞数越少，分析越精确，但分析时也会更复杂，更消耗资源。
在本次结果中，在较高分辨率bin50（25 μm*25 μm）及更高的bin20（10 μm*10 μm）下，每个bin的基因检出数及MID数都非常不错，再次证明了时空转录组FFPE的捕获技术具有出色性能。
SAW软件还进行了降维聚类分析和差异基因分析。在bin200较低的分辨率下，该切片组织划分得到13个亚群，以及各细胞亚群在空间分布情况。分辨率越高，得到的亚群会更准确，但分辨率过高而基因数过少时，也可能会出现聚类分群效果差的情况。
老师可以根据H&E染色及降维聚类分析结果，进一步借助StereoMap软件圈出感兴趣的区域进行后续分析。
从本次测试的整体流程和数据来看，产出稳定且数据质量表现优异。安诺优达目前已产出1000+张STO芯片数据，积累了丰富的空间组学实验及分析经验，将持续为您的空转实验保驾护航。
时空转录组FFPE技术已成功在多种样本上进行了测试，包括人类多种器官及癌症（如垂体、肺癌、胃癌等）、鼠类多种器官（如小肠、眼等）、非人鼠物种的组织（如猪子宫、猪淋巴结等），以及癌组织-微生物等样本。并且，该技术使用的随机引物可与任何物种的RNA序列结合，因此其使用范围还在不断扩大。
安诺优达致力于为客户们提供更前沿的单细胞&空间技术方案。时空转录组FFPE新品预售已火热开启，详情请咨询当地销售或在微信公众号留言，我们期待与您的精彩相遇！
