春发其荣、夏展繁华，葱郁。回顾2023上半年，安诺优达同科研客户合作在深海动物研究、经济作物研究、哺乳动物研究领域发表多篇合作文章，研究成果在Cell、PNAS、Journal of Advanced Research等高水平期刊上进行发表。引入Revio平台后，安诺优达实现服务周期进一步升级，可7天交付4个Cell的HiFi数据，将为科研客户提供优质的服务。下面，让我们重温2023年春夏，各专家学者在基因组De novo领域的新洞见，一起碰撞学术智慧的火花吧。
磷虾基因组-2023年3月2日
文章题目：The enormous repetitive Antarctic krill genome reveals environmental adaptations and population insights
中文题目：大量重复的南极磷虾基因组揭示了环境适应和种群洞察
发表期刊：Cell (IF=66.850)
安诺服务：三代PacBio HiFi 建库测序
南极磷虾是地球上丰富的野生动物之一，在南极生态系统的物质和营养运输过程中发挥着重要作用，同时也是维持极地生态环境平衡的关键物种。本研究中作者构建的动物基因组：48.01Gb染色体水平的南极磷虾基因组。研究表明，磷虾基因组中的重复序列高达92.45%，同时进行了2次爆发式的基因组扩增。对南极磷虾蜕皮和能量代谢相关的扩展基因家族及其生物钟分子结构的解析，揭示了磷虾对寒冷和高度季节性的南极环境的高度适应性。结合种群水平的基因组重测序以及环境变量相关的自然选择，研究发现磷虾数量的急剧减少和随后10万年前的数量反弹与气候变化事件高度一致。总之，该研究为海洋生物极端环境适应机制及其群体演化的深入解析提供重要理论，并为未来的南极研究提供了宝贵的资源。
磷虾基因组
陆地棉基因组-2023年3月25日
文章题目：Gossypium purpurascens genome provides insight into the origin and domestication of upland cotton
中文题目：Gossypium purpurascens基因组为陆地棉的起源和驯化提供了见解
发表期刊：Journal of Advanced Research（IF=12.822）
安诺服务：三代PacBio HiFi 建库测序+数据分析+共同第一作者
陆地棉（Gossypium hirsutum.）是世界上重要的棉花品种之一，其产量占全球棉花总产量的90%以上。作为重要的经济作物，棉花对全球经济和社会发展产生了深远的影响。在本文中，研究团队聚焦于在我国海南、广东、广西等地自然生长的本地棉种——海南岛本地棉花（Hainan Island Cotton，HIC），组装了该棉种的高质量四倍体野生型棉花基因组。研究人员发现该基因组共有79,146个编码基因，其中约7%是转录因子，另外还富含多种RNA基因和重复序列。比较基因组分析表明陆地棉的驯化和改良可能受到了基因组变异（PAV、INV和TRANS）的影响，这可能对一些重要性状（如种子大小、衣分和纤维质量）的改善发挥了重要作用。此外，系统发育和种群分化分析发现所有的陆地棉可以分为三组（GHC、GHP、GHL），其中G. purpurascens被归类为G. hirsutum的一个原始种。最后作者揭示了中国在陆地棉驯化和栽培中的悠久历史地位。该研究对于深入了解陆地棉的基因组组成、遗传多样性和进化历程具有重要意义，也为陆地棉的驯化和育种提供了重要参考。
陆地棉基因组
文昌鱼基因组-2023年3月4日
文章题目：Three amphioxus reference genomes reveal gene and chromosome evolution of chordates
中文题目：文昌鱼的三个参考基因组揭示了脊索动物的基因和染色体进化
发表期刊：PNAS（IF=12.779）
安诺服务：三代PacBio HiFi 建库测序+数据分析+共同作者
为阐明不同文昌鱼物种的基因组和染色质景观的进化规律，解析脊椎动物祖先进化历程，基于Pacbio和Hi-C测序技术，研究者组装了三种文昌鱼的高质量单倍型基因组。文昌鱼基因组中含有约30%的中等重复序列，且含有丰富的微型反向重复原件（MITE）。全基因组分析发现，文昌鱼与其它脊索动物和无脊椎动物相比，它属于基础的脊索动物谱系，超过73%的脊椎动物直系同源基因位于文昌鱼的基因组内，这些基因在调节信号通路和肌肉功能方面发挥着重要的作用；并确定了脊椎动物和文昌鱼之间的27,032个保守序列原件。
文昌鱼基因组
家鸡基因组-2023年2月13日
文章题目：Evolutionary analysis of a complete chicken genome
中文题目：鸡全基因组的进化分析
发表期刊：PNAS（IF=12.779）
安诺服务：ChIP-seq
全基因组图谱对于分子水平的精准育种设计，推进肉鸡遗传育种工作，缩短与发达国家之间的基础差异具有重要的意义。此外，鸡基因组也是研究脊椎动物进化和鸟类生物学的重要基础。本研究组装了一个新的鸡参考基因组，确定十条具有不同序列和表观遗传特征的小微染色体，这些染色体表现出高GC含量和高水平的DNA甲基化，并且富含管家基因；基于完整的鸡染色体模型，本研究重建了脊索动物核型进化的精细图景，揭示脊椎动物全基因组复制前后的频繁染色体融合现象。本研究对解析脊椎动物进化规律和加快鸡的分子育种进程具有重要的意义。
家鸡基因组
绵羊泛基因组-2023年3月27日
文章题目：A sheep pangenome reveals the spectrum of structural variations and their effects on tail phenotypes
中文题目：绵羊泛基因组揭示结构变异的谱系及其对尾巴表型的影响
发表期刊：Genome Research（IF=9.438）
安诺服务：三代PacBio HiFi 建库测序
结构变异（SVs）指基因组上大于50bp的大尺度核苷酸序列变化或位置变化，与单核苷酸多态性（SNP）相比，它们可能在基因区域和调控区域引起更大规模的变化，进而影响基因表达和生物表型。该研究通过三代PacBio HiFi测序技术和图结构方法构建一个包含15个不同的绵羊品种的高质量泛基因组图谱，并通过结构变异（SV）分析揭示了绵羊基因组的复杂性和多样性。基于PBS分析和GWAS技术，研究人员进一步剖析了绵羊尾巴长短和粗细的变异机制，发现了与这些性状相关的基因区域中的关键候选突变位点。这些发现有助于进一步理解绵羊基因组的演化和驯化过程，为绵羊育种和改良提供了基础数据和新的方向。此外，该研究的技术和方法对于研究其他动物的基因组和复杂性状也具有一定的参考意义
绵羊泛基因组
附：安诺优达基因组De novo项目文章节选
